棉花立枯病又称烂根、黑根病，是由立枯丝核菌侵染所引起的、发生在棉花上的病害。自棉籽萌动发芽，棉花立枯病病菌即可侵染危害。

病原有性态为瓜亡革菌（Thanatepephorus cucumeris (Frank) Donk），属担子菌亚门、亡革菌属；无性态为立枯丝核菌（Rhizoctonia solani Kohn），属半知菌亚门、丝核菌属。其有性态仅在高温酷暑、高湿的条件下生成，一般不易发现。

菌落：菌落开始无色，后转为灰白色、棕褐色、灰褐色或深褐色。有的有同心轮纹，后期形成菌核。

菌丝：菌丝发达，蛛网状，粗壮，生长迅速，初期无色、较细，宽5-6微米，近似直角分枝，离分枝点不远处生有1个隔膜；经染色观察，一般1个细胞内有3-16个细胞核，多为4-5个。老熟菌丝常为一连串桶形细胞，黄褐色，较粗壮，宽8-12微米，分枝处也多呈直角分枝。

菌核：菌核无一定形状，浅褐至深褐色，由许多桶形细胞菌丝交织而成，并靠绳状菌丝相联系，质地松，大小为0.5-1.0毫米。

担子和担子孢子：在人工诱发情况下，可产生担子和担子孢子。担子无色，单胞，圆筒形或长椭圆形，顶生2-4个小梗，其上各生1个担孢子；担孢子椭圆形或卵圆形，无色，单胞。

病菌可在较宽的温度范围内（0-40℃）生长，其中以17-28℃为最适生长温度。在16-25℃时，侵染发病严重。耐酸碱性强，在pH为3.4-9.2范围内都能生长，因此分布很广，以pH为6.8最适。棉花立枯病病菌可抵抗冷冻、高温和干旱等不良气候条件，适应性很强，一般能存活2-3年或更长，但在高温高湿的条件下只能存活4-6个月。菌体更适宜在湿度适合的土壤中生长，病菌主要分布在5-10厘米的土层内。病原菌的寄主范围极广，可危害棉花、大麦、小麦、甜菜、黄麻、红麻、水稻、高粱和马铃薯等200余种植物。

自棉籽萌动发芽，棉花立枯病病菌即可侵染危害。

棉花播种后，种子萌动但还未出土之前，病菌便侵染地下的幼根、幼芽，造成烂种、烂芽。棉苗出土后，首先在接近地面幼茎基部出现症状，起先呈现黄褐色斑点，逐渐扩大，凹陷、腐烂，严重的可扩展到茎的四周，凹陷部位失水过多而呈蜂腰状，最后变黑褐色，棉苗枯死，病斑部位比炭疽病低。

病株叶片一般不表现特殊症状，仅仅由于失水而表现枯萎；但也有棉苗受害后，在子叶出现不规则黄褐色斑，最后病斑破裂穿孔。受害棉苗及周围土壤中常有白色的菌丝黏附。多雨年份，现蕾开花期的棉株也可受害，茎基部出现黑褐色病斑，表皮腐烂，露出木质纤维，严重的可折断死亡。感病部位，有时出现瘤状病变。

棉花立枯病病菌主要营寄生生活，但在土壤中有很强的腐生生活能力，菌丝可在土中自由扩展，并随水扩散。当外界条件不利于菌丝生长时，菌丝体可形成菌核，菌核细胞可萌发多次，繁殖速度快。菌核的存活期长，在土壤中形成的可存活数月至几年。

土壤、肥料和农作物的病残体等是棉花立枯病的主要初侵染源，病菌常以菌丝体或菌核在土壤或病株残体中腐生越冬。第2年，病菌遇适宜条件和寄主，直接侵入或从自然孔口及伤口侵入，侵入的菌丝在棉苗上很快扩展，侵入十几个小时就出现症状，引致组织坏死变褐，2-3天后就可造成死苗。病死植株的皮层组织充满菌丝和菌核成为重要的再侵染源。

棉苗子叶期最易感棉花立枯病，棉苗出土的1个月内，如果土壤温度持续在15℃左右，或遇到寒流或低温多雨，就会严重发病。病组织上的菌丝可向四周扩散，继续侵染周围的棉苗。如果收花前低温多雨，棉铃受害，病菌还可侵入种子内部，成为下一年的初次侵染来源。留在田间的病残体，产生菌核以度过不良环境，成为以后的病菌来源。

棉花立枯病的发生与气候条件、种子质量和耕作栽培措施密切相关。

气候条件：气候条件是影响棉花苗期病害发生的主要因素，棉花立枯病病菌的生长繁殖及侵染需要较高的湿度，因此，阴雨天最适棉苗立枯病的发生。而且棉花是喜温作物，播种后遇到低温多雨会影响棉籽萌发和出苗速度，易遭受病菌侵染而造成烂种、烂芽。特别是低温伴随有寒流和阴雨，有利于病害大发生，而造成成片死苗。在中国北方和新疆等内陆棉区，春季温度较低，棉花易发病；在南方棉区，若播种后天气时晴时雨，则棉花立枯病可成为棉苗的主要病害。

种子质量：成熟度好、籽粒饱满、纯度高的种子，生活力强，播种后出苗迅速、整齐而茁壮，不易遭受病菌侵染，故发病轻。质量差的种子，特别是具有较多秕子、破子的种子，播后很易被病菌侵染。

播期和播种深度：播种过早或过深，使出苗延迟，棉苗弱小，抵抗力差，容易感病。露地栽培播深以4-5厘米为宜，地膜覆盖以2-3厘米为宜。

土壤质地：土壤质地与发病的关系十分密切，我国黄河和长江流域棉区均报道黏土发病重，但新疆特早熟棉区均是沙土发病较壤土重，黏土发病最轻，其原因是沙土地很易播深；沙土吸水和保水力差，降雨之后自由水较多，易造成暂时高湿环境，特别细沙土还易造成土壤沉降，使幼芽窒息死亡；沙土温差变化较大，在新疆春季气温波动变化较大的情况下，更易造成幼苗抗病性下降，导致苗病发生。

耕作栽培措施：①多年连作会使土壤中的病菌越积越多，加重病害的发生。②地势低洼排水不良，地下水位较高，土壤水分过多，土壤温度偏低，通气性差，棉苗出土时间延长，长势弱，棉花立枯病发病较重。③施肥也可影响病害的发生发展，偏施氮肥则病害较重；向土壤中增施秸秆、绿肥等有机质可减轻发病，因为有效碳能刺激根外及根际土壤中的微生物活动，增加拮抗作用，对丝核菌的繁殖与侵害起到一定的抑制作用。④棉花与甘薯等非寄主作物轮作能有效减轻病害；若前作为麦类、高粱等则发病很重。