梵蒂冈城国国旗为梵蒂冈的国旗，国旗为正方形，由金黄和银白色两个竖长方形构成。相传金黄和银白两色是耶稣基督12门徒之一彼得的两把钥匙颜色。右侧的白色旗地中，绘有教皇保罗六世的皇徽。

第一个经认证的罗马教皇国旗是带有白色十字的红色旗帜，可以追溯到1195年。

1204年（或更早些），罗马教皇已使用带有白色钥匙的白色叉标志图案。

1316年始，第一个可用的图像国旗是长方形的，四角有一只苍蝇，中间是燕子尾巴，有四个钥匙，每个四分之一。这四把钥匙是圣彼得的钥匙。

1808年，教皇庇护七世下令梵蒂冈贵族卫队及其他部队把红色换成白色，以区分其他已被并入拿破仑军队的部队。

1803年，教皇国开始使用以白色为底，中央有教皇国徽的商用旗。这种旗帜在1815年6月7日成为正式。在1825年9月17日，被黄白旗取代，黄色取自金钥匙，白色取自银钥匙。这些颜色可能是来自1808年的禁卫兵旗的颜色。这是教皇国使用的第一面双色旗，也是现代梵蒂冈国旗的始祖。商用旗也是在陆地上的国旗。

1831年开始，教皇国步兵开始使用黄白的正方形旗帜。一开始是对角线划分，但自1849年开始改成垂直划分，如同商旗一样。最终的步兵旗帜，于1862年采用，就是简单的黄白方形旗。

1849年2月8日，当教宗庇护九世在加埃塔逃亡中时，罗马共和国宣告成立。新政府的国旗是意大利三色旗并在中央条纹加上格言“Dio e Popolo”。教皇国政府以及旗帜在1849年7月2日复辟。

1870年9月20日，教皇国被意大利占领，而黄白旗也不再做为正式使用。

1929年，《拉特兰条约》签订后，教皇当局决定使用1825年的商用旗作为即将独立的梵蒂冈城国的国旗。然而，在宪法中使用的正式图样却采用了1862年的步兵旗作为样本。条约在1929年6月7日生效，新的梵蒂冈方形旗也随之生效。

1929年2月11日，罗马教廷和意大利签订《拉坦条约》之后，教皇的旗帜才以目前的形式出现，也被视为独立国家的国旗，因此受到与所有其他国家相同的保护（《意大利刑法》第299条）。

1929年6月8日，梵蒂冈现代国旗首次升起。

梵蒂冈城国国旗呈正方形，由金黄色和银白色两个竖长方形组成。右侧的白色旗地中，绘有教皇保罗六世的教徽。

梵蒂冈城国国旗的形状设计为正方形。梵蒂冈城国的旗帜，是少数几个非矩形的国旗，除此之外，在梵蒂冈城国的基本地图中还附有包含杆子的图像，图像中的杆子上面装有装饰有矛的矛头一块白色的布，上面有黄色的金色流苏。

梵蒂冈城国国旗上黄白两色是耶稣十二宗徒之长圣伯多禄的两把钥匙的颜色，代表了两种最珍贵的金属：金与银。教宗的牧徽则是至高无上地位的象征。

钥匙是基督交给彼得的，同时附有《马太福音》的一段话：“我要把天国的钥匙给你，凡你在地上所捆绑的，在天上也要捆绑；凡你在地上所释放的，在天上也要释放。”（《马太福音》十六章十九节）教皇三重冠是主教冠和人间的皇冠结合产生的。罗马教皇自称是基督在世上的代表，教皇又是梵蒂冈的首脑，有最高的立法、司法、行政权。

梵蒂冈城国无直接出海通道，但根据1921年的《巴塞罗那宣言》，它已被允许携带自己的悬挂着教皇旗的船只进行海上航行。

全世界的许多天主教教堂和机构中都悬挂有梵蒂冈城国国旗，而该教堂或机构所在国的国旗通常都与梵蒂冈城国国旗并排。

1870年9月20日，贝尔萨列里（Bersaglieri）和萨瓦（Savoy）步兵闯入教皇国将罗马教皇国旗带走。

罗马教皇的旗帜被鲁斯波利王子保存，首先由克里斯蒂娜公主保存，并由贵族家族保存了近一个半世纪。2011年9月29日，在天使大天使圣米迦勒诞辰一周年之际，王子斯福尔扎·鲁斯波利亲王将其交还给梵蒂冈国务卿塔基西奥·伯通枢机。