根肿菌纲为专性寄生菌，内寄生于高等植物、藻类和水生真菌。寄主受害部常膨大成肿瘤。在高等植物上大多寄生在根内或埋在土中的茎内。 菌体为无壁多核原生质团，此原生质团能运动和摄食，内生，整体产果式。无性繁殖是由原生质团形成松散的孢子囊群或紧密的孢子囊堆，每一孢子囊生单个、数个或许多个次生游动孢子，游动孢子顶生2根不等长的前生尾鞭式鞭毛；有性生殖可能为同型配子结合形成合子，合子萌发产生无壁原生质团，成熟时形成休眠孢子囊。除在水中的再侵染阶段外，全部生活史在寄主体内完成。

本纲只有1目，1科，16属，约45种。分属的主要依据是休眠孢子囊的有无，休眠孢子囊的联结程度、状态和形状，其次是寄生专化性和寄主的反应等。常见的属有根肿菌属(侵害十字花科)、粉痂菌属（为害马铃薯）、球壶菌属（侵染婆婆纳）、四粘菌属（侵害水生被子植物）、层盘菌属（侵染水马齿）、沃罗菌属（侵害无隔藻、绵霉）和多粘菌属（为害禾谷类作物）等，它们引起多种栽培植物的病害，造成重大损失。

根肿菌的分类地位一直有争论。由于它的营养体始终为无壁原生质团，很像粘菌，所以被认为是粘菌（见）。由于它的细胞核分裂时，核仁并不消失而是变长,与赤道带的染色质形成一个“+”字，类似原生动物（如变形虫）细胞核的分裂特征，所以又被列入原生动物中。可是，它有更多的性状像真菌：①它内寄生的生活方式与自由生活的粘菌不同，而类似某些真菌；②游动孢子中的高尔基器与双鞭毛菌相似;③产生1个或多个游动孢子的薄壁孢子囊和休眠孢子囊与双鞭毛菌有联系，而不象粘菌；④休眠孢子囊有两层壁，其主要成分为壳质，这与具2或3层壁、内壁为纤维素的粘菌孢子囊不同。因此，现在多数学者主张将这一小群有机体放在真菌内。