《
阵之书》原文记载，志村团藏为了实现自己对忍者的理想的需要，成立了暗部养成部门。这个组织位于木叶的影子底下，将树根深深扎进黑暗里，最大的目的就是在暗中消灭会妨碍村子繁荣的障碍。为此，他们执行任务时不择手段，这正象征着团藏的“忍之黑暗”，是一个无情且残酷的组织。
由于
猿飞日斩在继任火影后没能有效延续二代目火影·
千手扉间治理宇智波一族的基本方针，导致让团藏背负起了村子的黑暗，团藏由此获得以
暗部培训部的名义成立了隶属于自己的独立组织“根”的权利。
在《疾风传·卡卡西暗部篇》中，“根”成员曾奉团藏之命，组建十人队伍执行对在九尾之乱结束后重新上任的三代 目火影实行暗杀，但由于曾被拉拢的
旗木卡卡西的倒戈而失败。
虽然“根”在宇智波灭族事件后就已经解散，但仍有不少成员继续在暗部任职，甚至继续效忠于“根”。若干年后，该组织因得到了木叶两大顾问
水户门炎和
转寝小春的支持而重新恢复建立。
在《
BORUTO -火影新世代-》中
笕堇透露，第四次忍界大战结束后，“根”在木叶众人的反对声中正式退出了历史舞台，但仍旧有残党四处活动。
《
阵之书》原文记载，根的队员是由团藏直接招募组成，团藏选择的对象是具有特殊能力的人，以及心中有黑暗的人等等......
队员需要接受“消灭自我“的训练，为了守密，也会对他们施加咒印，团藏彻底将他们培养成完全执行任务的棋子。所谓“根”之人，没有名字、亦无感情。没有过去，无未来。心中只有任务，在背后支撑起木叶村这棵大树的是 深扎于大地之中的……“根”的意志。