是一种编码可被检测的蛋白质或酶的基因，类似于报告基因，已经应用于植物基因工程和动物基因工程的研究领域。在植物基因表达调控的研究中，如花色苷代谢中，如查尔酮CHS基因，转录因子MYB10基因等。

在植物基因工程研究领域，marker gene必须必备三个条件。第一，可以用来构建沉默或者过表达载体，载体在植物进行表达后可以产生直观的表型变化。第二，植物中的其他基因，可以与含有marker gene的载体重新构成双元或者三元载体，进行过表达或者沉默，并引起表达量的变化。第三，形如，含有marker gene的载体通过农杆菌介导的方法侵染植物，可引起多个基因的表达量的变化。