1980年开始以相机记录台湾的自然环境风貌，1993年开始在政经杂志开辟《台湾档案》专栏，报导台湾的环境破坏与公害事件，十余年来，已累计近四百篇、三十万字。1998年加入公共电视新闻部，相继参与《我们的岛》之海岸环境、看守台湾，“新闻专题”之珊瑚产卵、宝贝海洋、山林盗伐、海底古文明等系列专题，以及“纪录观点”节目之动物救援、山海环境保护系列纪录片之企划、采访、导演、制作。
曾获得“电视摄影金钟奖”、“台湾永续报导摄影首奖”、 NPO媒体报导奖之“电视报导首奖”、第二十八届美国蒙大拿国际野生动物影展IWFF：“最佳电视节目奖”与“最佳观点奖”等两项大奖与九项技术优异奖、“台北电影节”纪录片首奖、2006年美国“CINE金鹰奖”等等。2010年10月凭借纪录观点《
森之歌》获
第45届台湾电视金钟奖非戏剧类节目导演（播）奖。2016年10月8日，柯金源凭借《纪录观点–海》荣获
第51届台湾电视金钟奖非戏剧类节目导演奖。