查干湖水域面积为420平方公里，由
查干湖、新庙泡、云字泡等湖泊组成，蓄水量7亿立方米，是中国七大淡水湖之一，也是吉林省最大的内陆湖泊。
保护区是典型的以保护半干旱地区湖泊
水生生态系统、湿地生态系统和野生珍稀、濒危鸟类为主要对象的自然保护区。查干湖湿地是湖泊、沼泽、沼泽化草甸多种不同
湿地生态系统复合体，是温带草甸草原以浅水湖泊为核心湿地生态系统的典型代表，也是中国东北地区重要湖群湿地之一。保护区湿地显著特点是地表多水；水多导致
土壤潜育化，有明显潜育层；受多水的影响，生长有湿生植物、沼生植物、水生植物或喜湿的盐生植物，属于高适宜性湿地。
保护区划定核心区3处（辛甸泡、高家、庙东），面积为155.31平方公里，占保护区面积的31%；缓冲区3处，面积193.34平方公里，占保护区面积38%；其余为实验区，面积为158.19平方公里，占保护区面积的31%。
保护区内野生动植物种类丰富，呈现
物种多样性、珍稀性及及生境的典型性等重要特征。在保护区栖息繁衍及过往停歇的鸟类共有239种，占全省鸟类总数的73%。其中国家Ⅰ级重点保护的鸟类有：
东方白鹳、黑鹳、
丹顶鹤、白头鹤、白鹤、金雕、
白尾海雕、大鸨等8种；国家Ⅱ级重点保护的鸟类有：大天鹅、白枕鹤、灰鹤、白琵鹭、白额雁、
鸳鸯等35种；Ⅰ、Ⅱ级重点保护鸟类共43种。陆上野生动物有狼、狐、貉等25种，两栖爬行类9种，鱼类46种，昆虫446种，植物200种，其中具有药用价值的149种。随时保护，区内野生动植物呈现物种的多样性、珍稀性及生境的典型性等重要特征，特别是东方白鹳、白头鹤、白鹤、丹顶鹤、黑鹳、大鸨、金雕、白尾海雕，大天鹅、灰鹤、白琵鹭等国际濒危物种、国家Ⅰ、Ⅱ级保护动物的种类、数量，在保护区有逐年增加的趋势，尤其是倍受世界关注的
黑脸琵鹭在区内被发现，充分显示了
查干湖自然保护区的重要性。
查干湖年产鲜鱼5500吨，其中，胖头鱼年产量为3000吨。现有胖头鱼、名优野生杂鱼和分割鱼三大系列商品鱼共计22个品种。2002年11月，
查干湖胖头鱼获得
中国绿色食品发展中心AA级绿色食品认证；2003年4月，查干湖被中国绿色食品发展中心批准为国家AA级绿色食品生产基地；2003年7月10日以来，查干湖胖头鱼连续三年获得
中绿华夏有机食品认证中心（简称COFCC）有机食品认证。“查干湖胖头鱼”已成为吉林省著名商标和中国名牌农产品，查干湖渔业实现了传统渔业向生态渔业、绿色渔业和有机渔业的转变。
查干湖历史上曾是
嫩江主河道的一部分，由于地壳运动，气候变迁，河流摆动淤积等原因，致使嫩江河道改道，东移至大安台地以东，留下了大安古河道。支流
霍林河水逐渐减少，河道逐渐淤积，出口被堵塞，形成了盲尾河。由于查干湖周边区域地势平坦，排水不畅，在被称之为“八百里翰海”的吉林省西部地区，形成了自然湖泊——
查干湖。20世纪60年代初期，由于查干湖上游的主要水源霍林河断流和连年干旱，致使入湖的水量逐年减少。到70年代初期，查干湖水近于干涸，盐碱泛起，风沙肆虐，鱼苇绝迹，并殃及周围大面积农田和草原。1976年，前郭县委、县政府从国计民生的长远利益出发，做出“引松入湖”决策。在几乎没有大型机械的情况下，全县各族人民靠手抬肩挑，经过先后两期、历时八载的艰苦奋斗，于1984年挖通了长53.85公里、底宽50米的人工运河——引松渠，使乳汁般的松花江水源源不断地流入查干湖。查干湖以其独特的草原
湖泊生态系统和湿地功能，为增加周边区域空气湿度，增大降雨量，缓解区域旱情，延长无霜期，减少风沙天气，促进农作物生长，保护生物多样性，抬高区域地下水位，减轻土地沙化、碱化进程，汛期蓄洪滞洪，发展渔业、芦苇业、旅游业、养殖业，提高当地的经济收入发挥着重要作用。
查干湖保护区连同我国东北（吉林、
黑龙江、
辽宁和内蒙）各地的自然保护区群，构成我国东北地区及俄罗斯远东地区、朝鲜半岛等地
鸟类迁徙重要通道。既是国际重要湿地，又是国家重点湿地，在世界和国内珍稀、濒危鸟类保护战略中具有极为重要的地位。