柑桔教育部工程研究中心于2007年由教育部教技函[2007]72号文批准立项建设，依托西南大学柑桔研究所组建。

中心根据我国柑桔生产和加工现代技术研究、物化和装备发展的需要，针对重大关键技术问题进行工程化研究开发，将具有应用推广前景、先进适用的国内外新品种、新技术、新装备及科技成果进行系统集成、配套及工程化，为企业提供科技含量高、市场适应性强和适宜企业进行专业化生产的工程化成果。同时，中心以柑桔工程技术研发和工程化成套设备产业化为核心，通过新技术、新成果、新装备的研发、成果转化、引进消化、培训推广，实现科技成果的高效转化利用，快速提高我国柑桔产业的生产技术水平和产业的国际竞争力。