方丈为了维护和平，把挚情之剑卖给了
陆小果，
赤霄剑送给了
菠萝吹雪，
圣道剑送给了橙留香。果宝特攻们听说大魔头东方求败和四大恶贼残害村民，就下决心要为民除害……精彩的故事就上演了。
三剑客被冤枉诬陷，东方求败说他们是欺师灭祖的叛徒，结果三剑客被打落山崖，机甲彻底损毁，从此被整个世界谴责遗弃。三剑客在小果丁的帮助下，前去莲珠谷寻找属于自己的莲珠，并以最新的水果
嫁接技术，将
果宝机甲重组升级。之后他们决定重新上花果山，寻找方丈和果姥被害的真相，讨回公道，证明清白。
菠萝吹雪为了防止三朵莲蓬被
龟太公破坏。不小心穿越到了三果时代，为了回到现代，对抗东方求败寻找三朵莲蓬，期间遇到了古代的陆小果、橙留香组成新的果宝特攻。