1998年，执导个人首部短片《青涩之翼》。1999年，担任短片《
起毛球了》的执行制片。2001年，担任冒险电影《
给我一只猫》的副导演。
2002年，执导纪录短片《鸦之王道》，该片入围亚洲电视纪录短片展、金马影展国际数位短片奖；同年，执导实验短片《低度开发的记忆》。2003年，执导纪录短片《街头风云》。2004年，创作电影长片剧本《E.T.Brother》。
2005年，执导个人首部纪录长片《
翻滚吧！男孩》，该片获得第42届台湾电影金马奖最佳纪录片奖。2006年，执导纪录片《大象男孩与机器女孩》；同年，执导由
彭于晏、
阮经天、
刘荷娜联合主演的剧情电影《
六号出口》。2007年，执导纪录片《
梦想无限》。2008年，执导纪录片《种树的男人》。
2009年，执导微电影《雨过天晴》，该片获得横店影视节最佳微电影奖；同年，执导剧情电影《六局下半》；此外，还自编自导了由
田中千绘、吴怀中搭档主演的爱情电影《
对不起，我爱你》。2010年，与多人联合执导纪录片《
Bye-Bye莫拉克》。
2011年，自编自导由彭于晏、
林辰唏共同主演的励志电影《
翻滚吧！阿信》，该片入围第48届台湾电影金马奖最佳原著剧本奖，他凭借该片入围第11届中国长春电影节金鹿奖最佳编剧奖。2012年，执导青春励志微电影《
给未来的信》，该片由
陈柏霖、林辰唏合作主演。2013年，担任音乐纪录片《
一首摇滚上月球》的制作人。2014年，执导爱情电影《藏地白皮书》，该片根据傅真、毛铭基的同名小说改编。
2016年8月9日，由其执导的爱情电影《
谎言西西里》上映，该片讲述了韩国留学生俊浩与单纯女生小悠之间以谎言为内核的爱情故事；同年，参演由
黄真真执导的爱情悬疑电影《
消失爱人》。2017年，执导纪录片《翻滚吧！男人》。2018年7月1日，由其执导的喜剧电影《
跳舞吧！大象》开机。
为了尽可能的平衡艺术性与商业性的关系，林育贤在影片创作上有意识的把故事情节、视听元素和文化特征尽可能地通俗化、时尚化，以便符合受众的观影习惯。在其电影中不同社会阶级、年龄层次、性格特点的观众都能在其中找到生活的原型，从而倍感影片的写实性，认同感与存在感也就油然而生。从拍摄纪录短片《鸦之王道》、《街头风云》，到纪录长片《翻滚吧！男孩》，再到剧情长片的制作，林育贤的影视艺术逐渐展露出了自己独特的风格。林育贤幽默风趣的快节奏手法，对社会人文的细腻观察和趣味中带有深刻省思的影视特点对台湾青春片产生着潜移默化的影响（《文教资料》评）。