1989年9月至1993年7月在上海交通大学系统工程专业学习，取得硕士、博士学位；1993年8月起在暨南大学工作；1999年晋升教授。历任暨南大学珠海学院（校区）创院常务副院长（2000-2008）、党委副书记（主持工作，2004-2008）、暨南大学系统工程研究所所长（2008-）、管理科学与工程研究所所长、全国首席科学传播专家（2013-）、教育部高等学校管理科学与工程类学科教学指导委员会委员（2001-2005）、珠海市科学技术协会副主席（2001-）、珠海市社会科学研究联合会副主席（2004-）。

1988年，他提出和发表了一种新的系统论，称为一般系统结构理论，已在IEEE Transactions on Systems, Man, and Cybernetics: Systems, The International Journal of General Systems, Kybernetes - The International Journal of Systems & Cybernetics,《系统工程理论与实践》及其英文版 Systems Engineering - Theory & Practice 等国内外著名学术期刊上发表了一系列的学术论文，并出版了学术专著《一般系统结构理论》，把系统论发展到了具有精确的理论内容并且能够有效解决实际系统问题的高度（这是系统论创立以来的半个多世纪时间里，国内外从事系统论研究的科学家、学者的共同追求）。2010年国际著名学术期刊Systems Research and Behavioral Science第27卷第6期发表关于系统论研究发展的回顾和评论文章“Recent developments in general system theory”，一般系统结构理论被评价为推动系统论研究发展的代表作之一。同时，他把一般系统结构理论应用于复杂网络和组织管理的研究，在《国际一般系统学报》（The International Journal of General Systems）上发表论文《一般系统结构理论在管理中的应用：全面关系流管理定理》（The structural theory of general systems applied in management: the total relationship flow management theorems），以及在《系统工程理论与实践》及其英文版Systems Engineering – Theory & Practice上发表论文《复杂网络关系流与行为关系定理——一般系统结构理论在复杂网络中的应用》，提出和开展一项新的系统论、复杂网络、组织科学和管理科学的交叉科学研究——全面关系流管理研究。

组织（网络）的构成部分之间的关联是通过所谓的关系流（即信息流、物流、资金流、人员流和能量流等）建立起来的。复杂网络关系流与行为关系定理和全面关系流管理定理（见下列代表作[3]和[4]）已经证明，对于一个组织（网络），它的行为是由其基层次以上的关系流和输入流（总称全面关系流）决定和支配的。这也证明了，为了理解和管理组织（网络）行为，归根到底是理解和管理其全面关系流。因此，代表作[3]和[4]提出和开展一项基于一般系统结构理论的组织管理研究——全面关系流管理研究；在此基础上，代表作[1]研究得到一个基于全面关系流管理定理的组织设计框架和样板，解决了组织设计和管理的关键理论问题和实践问题，形成全面关系流管理理论，世界顶级期刊《IEEE系统、人和控制论学报》评价它“为组织行为学提供理论基础，为组织设计提供一种新的理论”；中国科协将它列为传播学科，称为全面关系流管理学科；国家审计署把它列为署机关第一期审计组长和主审研讨班的首席讲授内容，林福永受邀专程赴京讲授。

全面关系流管理研究旨在寻找全面关系流管理的思想、理论、方法、手段和工具，帮助我们对组织（社会）网络的全面关系流取得更好的理解和控制，从而更好地理解和控制我们面对的各种组织（社会）行为和问题。我们经受的世界石油、粮食和金融危机归根到底是由我们对石油、粮食的生产交易网络和金融系统的关系流缺乏足够的理解和控制所致。

[1] Fuyong Lin, et al., 2013. Developing an organization design framework and sample based on the total relationship flow management theorems, IEEE Transactions on Systems, Man and Cybernetics: Systems, Vol. 43, No. 6, 2013: 1466-1476

[2] 林福永，2012，钱学森系统科学思想及其形式化发展，钱学森先生诞辰100周年纪念文集//中国科学院院士工作局编，科学出版社

[3] Fuyong Lin, T. C. Edwin Cheng. 2007a. The structural theory of general systems applied in management: total relationship flow management theorems. International Journal of General Systems, 36(6)

[4] Fuyong Lin, Kai Sun. 2007b. Network’s relationship flow-behavior theorems – the structural theory of general systems applied in network. Systems Engineering – Theory & Practice, 27(9)

[4] 林福永，孙凯，2007b，复杂网络关系流与行为关系定理——一般系统结构理论在复杂网络中的应用，系统工程理论与实践，27(9)

[5] 张启人，林福永，2002，复杂性科学中复杂性根源的研究及其结果，系统工程理论与实践，22(10)

[6] 林福永，刘人怀，2001，复杂性科学中从简单到复杂的自然法则的研究及其结果，自然杂志，23（4）

[7] 林福永，何敏，2000，一般系统结构理论，见：许国志院士等《系统科学与工程研究》，上海科技教育出版社

[8] Fuyong Lin, T. C. Edwin Cheng. 1999. The Principles and Laws of General Systems and Their Applications. Kybernetes - The International Journal of Systems & Cybernetics, 28(1)

[9] Fuyong Lin, T. C. Edwin Cheng. 1998a. The Structural Model of General Systems and its Proof. Kybernetes - The International Journal of Systems & Cybernetics, 27(9)

[10] 林福永，1998b，一般系统结构模型的数学分析及其结果——若干一般系统原理与规律，系统工程理论与实践，18(12)

[11] 林福永，1998c，《一般系统结构理论》，暨南大学出版社

[12] 林福永，吴健中，1997a，一般系统结构理论及其应用（I），系统工程学报，12(3)

[13] 林福永，吴健中，1997b，一般系统结构理论及其应用（II），系统工程学报，12(4)

这些论著受到国内外同行专家、学者的关注和评论。例如：1988年，他应邀给著名科学家钱学森院士及其学术班子做专题学术报告，介绍一般系统结构理论；世界系统与控制论组织官方学报Kybernetes - The International Journal of Systems & Cybernetics的主编在代表作[7]和[8]的录用通知中写道：“The refereers believe that both papers should be published and indeed form the basis for further work that should be included in the journal（审稿专家们相信两篇论文都应当给予发表，并且相信它们的确形成学报应当进一步工作的基础）”；代表作[1]的录用通知写道：“A major contribution to a formal methodology for organizational development and evaluation. This framework might also serve as a template for development of similar theoretical structures for generic system-of-systems frameworks in many other domains（论文对正式的组织发展和评估方法论作出重大的贡献，可以作为许多其它领域发展相似的一般系统体系框架理论的样板）”；代表作[2]的审稿专家C在审稿时直接修改了论文的结论，写道：“Management science is unified via TRFMT（管理科学通过全面关系流管理定理统一起来了）”，而审稿专家A写道：“Author may conclude their paper with some suggestions that their theory is an attempt to contribute the so-called formal theory of organization （作者可以在他们论文的结论中指出，他们的理论试图对所谓的正式的组织理论做出贡献）”；管理研究领域世界重要期刊Organization Science的主编Linda Argote教授读了代表作[2]后给他发来邮件说：“You have picked an extremely important topic（你已经选了一个极端重要的研究题目）”；美国麻省理工学院斯隆管理学院系统动力学创始人Jay Wright Forrester教授读了代表作[2]后给他发来邮件，感谢他的工作为系统动力学提供了理论基础。