1997年底，他正式发表研究成果,
2006年出版其研究成果《红崖天书》。被认为,成功破译千古之谜红崖天书。全文直译为：燕反之心，迫朕逊国。叛逆残忍，金川门破。杀戮尸横，罄竹难书，大明日月无光，成囚杀之地。须降伏燕魔，作阶下囚。丙戌（年）甲天下之凤皇（御制）。据了解，被称为千古之谜的红崖天书，被破译为是明朝初年
建文帝所写之后，在海内外的学术界都引起了非常大的反响，很多学者认为这个说法确实让人信服。学术界人士普遍认为，林国恩对这一千古之谜所作的破译，与其历史背景、文字结构、图像寓意相吻合，具有可信度、说服力。
据林国恩先生介绍说，他所依据的翟鸿锡的摹本，每一个字的背后都透露着非常深刻的含义，假如说把这些含义综合在一起的话，就会发现整个事件的脉络非常清晰。据他讲红崖天书所写的内容是一篇建文帝讨伐他的叔叔燕王朱棣的一篇檄文，在檄文当中建文帝控诉了他的叔叔永乐大帝是如何篡夺他江山的这个事实，当时隐匿在贵州山中的建文帝，因为十分想从叔叔手里把这个皇位给夺过来。一直希望老百姓都能够支持他东山再起，于是就写了这样一篇讨伐逆臣朱棣的檄文。
但在当时那个政治氛围之下，朱棣怎么可能允许建文帝这么大张旗鼓地讨伐他呢，于是建文帝也有他的一个高招，他命令他的手下想出了一种变形的文字，把这些变形的金文、还有篆书、象形文字、图画的形义等综合在一起，制作出了这样一种看了之后不解其意的变形的文字。