南宋高宗建炎3年(1129年),高宗避金兵自扬州南渡至杭州,以州治为行宫,升杭州为
临安府。
元世祖至元13年(1276年,宋恭帝德祐2年),改为安抚司,次年改临安府为杭州;15年(1278年),又改为杭州路,置总管府,21年(1284年),自扬州迁江淮行省治于杭州,次年改称江浙行省,杭州为省治始此。
明改杭州路为杭州府。太祖洪武9年(1376年),改浙江行中书省为
浙江承宣布政使司,杭州府隶浙江布政司杭严道。
清世祖
顺治2年(1645年),置浙江巡抚,驻杭州,7年建旗营,置镇守将军署;圣祖康熙元年(1662年),浙江承宣布政使司改为浙江行省;世宗雍正4年(1726年)置杭嘉湖道于嘉兴,杭州府属之;高宗乾隆19年(1754年),杭嘉湖道移治杭州。
清代辖:钱塘(县治在今浙江省杭州市上城区小营、湖滨、清波街道及紫阳街道北部)、仁和(县治在今浙江省杭州市下城区武林、庆春、天水、长庆、潮鸣街道)、富阳(今浙江省杭州富阳区)、余杭(县治在今浙江省杭州市余杭区余杭镇)、临安(今浙江省杭州市临安区)、於潜(县治在今浙江省杭州市临安区於潜镇)、新城(县治在今浙江省杭州市富阳区新登镇)、昌化(县治在今浙江省杭州市临安区昌化镇)共8县;海宁(州治在今浙江省海宁市盐官镇)1散州。