乾隆三十一年(1766)三月，对于李文藻来说是一个忧伤苦闷的多事之春，就在这个月，文藻的三弟李文渊病了，开始只是偶感哮喘，一月不愈，文渊自诊“六脉濡急”，病情愈来愈重。儿子的病患对善良贤淑的母亲刑孺人来说，又是一个沉重的打击。父亲李远在文渊五岁的时候就去世了，家务全靠体弱多病的母亲一人操持。孝顺的文渊自学医术，“调护适宜”，使母亲的病情多有起色。在四个兄弟中母亲对文渊的感情最好，倚之如臂膀。当看到心爱的儿子病了，母亲拉着文渊的手说：“尔死，我何以生？愿先尔死，尤不尔悲也。”病重的文渊马上振作精神说：“儿无患也！儿无患也！”而后只有痛哭流泣。因为过度担心和焦虑，没过多久，母亲也病了，文渊勉强支撑着病躯，亲自为母亲诊病煎药，在床前侍奉了多日，目不交睫。可是文渊的孝心并没有感动天地，六月戊申，邢孺人去世了。母亲的去世，使文渊非常伤心，不食日余，痛哭无时，加上在丧期六日接连拜谢宾客，操劳过度，这无异于雪上加霜，以致呕血不止，病情进一步加剧了。
才华横溢的李文渊还有太多的抱负未得施展。他不愿意就这样死去，病后一月，就已经感觉回天无力了。他写下一篇《病祷文》，祷告上天多给他一些岁月，希望能够完成未竟的著述！他感叹道：“若竟从此休，则欲与古人争尺寸，而未来之岁月不为我有，岂不恨哉！”——壮志未酬，岂不恨哉！这时，光阴在文渊眼里既是奢侈品，又是财富，更是生命。
李文渊撰有《得心录》一册，其中十之七八都是自己创制的新方。前言自题：“古方不能尽中后人之病，后人不得尽泥古人之法，故名曰《得心录》。”见解精辟，可谓名言。“不泥古人”也可以看作是文源的作学宣言。此书被纪晓岚收录于《
四库全书》。
李文渊还著有《左传评》三卷，李文藻亲自校勘。《四库全书提要》对该书的评价是：“《
春秋左传》本以释《经》，自真德秀选入《文章正宗》，亦遂相沿而论文。近时宁都魏禧、桐城方苞於文法推阐尤祥。文渊以二家所论尚有未尽，乃自以己意评点之。仅及《僖公二十四年》而文渊夭逝，书遂未必。其兄文藻裒次遗稿，编为三卷，刊板於潮阳。末有文藻《跋》，称其潜心《易》、《礼》两经，取古人图像、传注罗而绎之者数年，以至於病。且死故所评阅，多未终卷云。”
百壶斋藏有乾隆版《静叔遗文》一册，书中存文十七篇，是李文藻在恩平任上嘱托好友罗有高校勘，并延请当时著名学者翁方纲、钱大昕、梁鸿翥、周永年、罗有高、李林、汪缙、邓汝贤等人为书作序和跋，足见文藻对文渊学问的肯定和重视。百壶斋尚藏有一册李明吾抄录的《李素伯静书合集》，其中共存文二十八篇。