护法运动期间,应老友
李烈钧之召南下参加护法运动,任滇粤桂联军总部医官。护法运动失败后,在广东省长
杨永泰的帮助下,获得官费留学资格,前往德国柏林大学攻读外科医学博士,中途改读内科,获博士学位。
1923年底,李其芳从德国学成归国。1924年初返回广州,在长堤潮音街开设了一间私人诊所。7月中旬,
孙中山聘请为大元帅大本营医官,负责孙中山和宋庆龄的看病问诊等事务。不久,
蒋介石力邀担任黄埔军校军医部的主任,不惜将原来的军医部主任
宋荣昌降为军医部副主任,但在黄埔军校军医部任职的时间只有短短的两个多月就辞职了。
1926年任黄埔军校军医部副部长。同年随军
北伐,任国民革命军总司令部医务处少将副处长,第一重伤医院院长。