机械隔离是指由于动植物生殖器形态不同而导致无法成功完成交配的隔离机制。

由多布赞斯基（T．Dobzhanskv）提出的一种隔离分类。属于生殖隔离。是指动植物由于交尾器和花器的构造不合适而不能生殖后代的一种现象。首先考虑的是个体的大小，如一种食虫类Sorex obscurus的二个亚种malitiosus（阿拉斯加）和parvidens（加利福尼亚）；狗的各品种之间均有这种现象。其次在交尾器构造方面，对蝴蝶、甲虫等都有所研究。在植物方面，对兰科、豆科等也有所探索。但是多布赞斯基（Dobzhansky）认为，非常近亲的生物间，由于生殖器官构造差异而不能交配、受粉的现象比通常估计的要少得多。也有人把机械隔离包括在性隔离中。