机构债券按照其对政府依托的水平不同，对投资者有不同的价值。机构债券对政府的依托程度主要分四类：得到政府完全保证和信用依托的债券；由财政部担保的债券；拥有从财政部借款优先权的机构发行的债券；没有明确的政府支持，但拥有对政府支持的某些要求权的机构发行的债券。
机构债券的发行主体中的国内机构，如各国扶持农业的农业信贷系统、国家重点项目基金、学生贷款协会、各种政策性专业银行等。国际机构有
亚洲开发银行、世界银行、美洲洲际开发银行等。
机构债券的利息支付频率差别很大，且税收条件因不同的债券而不同，流动性差异也有不同。某些机构债券只是私募发行，对投资者有限定。机构债券由于或多或少的与政府的关联，其信用质量高，但机构债券的流动性没有国债高，因此收益率高于国债。