朵甘卫是明代建制。元时曾在今西藏昌都东部、四川甘孜和阿坝一带设有朵甘思。

至明代，于太祖洪武六年（1373年）设朵甘卫，次年升为朵甘行都指挥使司。此时，所辖范围延伸延伸至今青海玉树、果洛和黄南州部分地区。属羁藦性质，无流官派守，但受西安行都指挥使司（驻河州）兼辖，后隶陕西都指挥使司。下辖有朵甘思宣慰司、招讨司6、万户府4、千户所17。约正统以后今青海海西州东部和海北州北部地区也隶于朵甘行都司。正德后辖境日小，明末废。