本源量子成立于2017年9月11日，位于安徽省合肥高新区，是国内首家将量子计算正式推向商用领域的量子计算企业，由中国科学院院士郭光灿和中国科学技术大学郭国平教授带领中科大博士团队创立。

2021年9月10日，本源量子发布未来五年量子计算技术规划路线图。路线图显示，到2025年，本源量子将突破1000位量子比特，达到1024位量子比特，这意味着专用量子计算机诞生，并能实际应用到一些行业领域中去，影响和改变人们的生活。

2022年2月消息，安徽省发展和改革委员会正式发布2021年度安徽省工程研究中心评审结果，合肥本源量子计算科技有限责任公司组建的安徽省量子计算工程研究中心正式获批。

2023年1月，本源量子宣布，将在2023年内发布新型国产量子计算机。

2024年6月1日，由安徽省少工委、安徽省量子计算工程研究中心举办的“中国自主量子计算机群开放授课活动”在量子计算公司——本源量子举行。

本、硕、博都在中科大就读的孔伟成，参与了本源量子创立的全过程，并承担量子计算机硬件研发任务。

本源量子已研发出多台中国量子计算机，并已交付用户使用。2020年本源量子上线首台国产超导量子计算机“本源悟源1号”，搭载超导6比特量子处理器夸父KFC6-130和本源量子测控一体机。“本源悟源2号”沿用了“本源悟源1号”的设计架构。本源量子已成功交付一台24比特超导量子计算机，并持续攻关更高位数量子计算机。“本源悟源”1号和2号已于2020年开始，陆续通过本源量子云平台面向全球用户提供量子计算服务。

2023年4月18日，本源量子以69亿人民币的企业估值入选《2023·胡润全球独角兽榜》，排名1039名。

2024年4月9日，本源量子企业以71亿人民币的企业估值入选《2024·胡润全球独角兽榜》，排名1118名。

2024年11月，2024福布斯中国创新力企业50强发布，本源量子入选名单。