“木末”二字，出自于屈原的《九歌·湘君》“采薜荔兮水中,搴芙蓉兮木末”句，意为高于树梢之上。以此名亭，谓亭秀出林木也；在雨花台建木末亭，还有另外一层含义，因为在木末亭畔，有泰伯祠、有南宋杨邦乂[yì]剖心处，有明代大学士方孝孺墓，有海瑞祠、曹公祠遗址等，“木末风高”有称赞历代志士仁人高风亮节之意。

武中奇书写的“木末风高”、赵绪成书写的“金陵胜景”贴金匾额高悬亭中。刘浚川、季伏昆书写的“木末亭”以及言公达、张杰、王福成等挥就的楹联妆扮着古朴的亭台廊柱。

台上的隔断木壁西边刻制凌文铨手书六首吟咏木末亭的古诗，东厢缕刻六幅古梅。两侧镶有古石刻。底台十二块石刻线刻清朝“金陵胜景”及“木末亭记”，该亭在复建时设计师还巧妙将日寇侵占南京时在木末亭原址上修建的钢筋混凝土碉堡包含在内，不仅保留了日寇侵占南京的罪证，而且还成为现在木末亭的仓储之地。