湖泊中生长有大量植物、藻类和软体动物，这些生物死亡后，堆积在湖底还原环境中分解，并和粘土淤泥一起组成含有机质沉积物。湖泊的还原环境可以是水体长期流动不畅引起，也可以是由季节性水温变化引起，前者如长期处于窒息的湖泊(对石油生成有利)，后者如温带湖泊,两者对有机物堆积都有重要影响。

温带湖泊一年四季水温变化引起的水循环和水温分层还原最明显:春季(3月)湖水从冻结(低于4C) 向水温增高变化，表层水密度变大(4C时水密度最大p=1.00g/cm2),与底部低温、低密度水形成上下增温对流,含氧水遍及湖区，还原环境，水温分层利于生物生长，但生物残骸很快氧化,不利有机质堆积。夏季(7月)湖泊表层水温增高(大于4C),水密度变小，底部水温较低、密度较大，从而出现水温上下分层,使上下对流终止，底部处于缺氧状态，引起生物死亡，并放出CO2和H2S,有利于有机质堆积(长期窒息湖泊情况与此相似)。秋季和冬季的水温变化与分层分别相当于春季和夏季。热带和寒带湖的水温变化与分层现象不及温带湖明显，热带湖泊多为缺氧环境，亚热带湖泊可能有冬季水温分层。