常用的有机荧光染料标记物是荧光素类以及罗丹明类染料。荧光素类标记物的
荧光量子产率高，有较好的
光稳定性和低的温度系数，但其荧光发射（500~550nm）在血清背景荧光之内，并且
斯托克斯位移较小，对样品的散射光敏感。和荧光素相比，罗丹明类标记物的荧光产率较小，但其发射波长较长，样品背景干扰较小。荧光素类和罗丹明类标记物可作为
荧光共振能量转移的供、受体用于荧光免疫分析。近年来有报道将荧光素氟化，借以提高染料的荧光量子产率。一些氟化荧光素染料的荧光量子产率可以达到0.85~0.97.有关荧光素和罗丹明荧光标记物已有多篇综述。近年来有多篇文献报道各种新型修饰荧光素类以及罗丹明类染料，荧光量子产率均有提高，荧光发射波长甚至可以达到近红外范围，有望用于免疫分析。