一是发展可持续的水产养殖系统；二是禁止使用无机肥料、化学药物和
化学试剂及基因工程制品；三是具有严格的环境影响监测网络和管理系统，保护生态环境；四是控制养殖密度，建立最佳效益点或最佳投入点的养殖投入模式，提倡合理的和互补的多品种养殖模式；五是在养殖产品的捕捞、运输、加工和销售过程中将各种形式的污染降到最低程度；六是充分考虑养殖动物在
自然环境条件下的生活需求和条件，使水生生物的福利最大化，即根据养殖动物的自然生活和生态习性，模拟建造对其适宜的生态系统来生产。
有机水产品养殖业标准最初是由国际有机农业认证机构Naturland联合会提出的，其首要要求是不使用化学品，尤其禁止使用无机化学肥料以及杀虫剂。随着传统农业向有机农业的转变，有机水产品养殖业也迅速发展，越来越多的水产养殖业者愿意进行有机认证。但由于有机水产养殖业是一个全新的概念和领域，其标准也随着工业的发展及消费者和环境利益需要而不断地改写与完善。
国际有机农业运动联合会于2000年初步制定了有机水产养殖业标准。该标准从宏观角度提出了一些具体的规定和要求，包括标准应用范围、有机水产养殖的转换、养殖场的选择、养殖与繁殖、营养与饲料、环境保护、捕捞和加工等。