最强名医面对全新恶势力，聪明对应不直接硬碰硬。不仅要安抚长官情绪，当医生护士不满现况、频频放话要跳槽，他也积极帮忙找出路。这家医院充满内忧外患，看最强名医如何一一破解。
堂上综合医院院长（
野际阳子饰）外出度假旅行，并指定自己的外甥森山卓（
高岛政伸饰），在这段期间代理院长职务，让森山在院内越来越嚣张。就在此时，有个罹患恶性肿瘤的患者住院，相良浩介（
泽村一树饰）判断必须立刻动手术，但森山认为风险太高而加以否决。於是相良开始进行某个神祕计画。
《最强的名医3》是由编剧
福田靖执笔的医疗剧，是《最强的名医》系列的第三部，该剧的第一部首播是在2011年秋季，故事描写了泽村一树饰演的天才医生相良在堂上综合医院与医生们对立的同时，尽自己所能解决医疗问题的医疗喜剧。在第三部中，主人公相良的对手依然由高岛政伸饰演。
《最强的名医3》中，相良医生以腹黑姿态暗中对堂上综合医院的不当之风“动手术”，森山医生一面上演着舍命的“华丽闹剧”演技。这样的对立感让观众感到非常怀念。（搜狐娱乐 评）
《最强的名医3》开播成绩也不如前两档出彩，14.6%的成绩在上一季中已经算得上是较差的收视纪录，正片承接SP剧情，森山医生暂时接手了医院，成为了代理院长，似乎改邪归正的森山医生实际上并未改变本性，这显得相良医生在医院的处境更为艰辛，但中间缺少了院长和常务的润滑。（搜狐娱乐 评）
医疗作品《最强名医3》的剧情相对前两季较弱，相良医生与森山医生之间的对立感不十分明确，戏剧冲突也相对较弱，因而不如前一档米仓凉子的《Doctor-X》吸引人。（搜狐娱乐 评）