最大或然数法用于一些特殊功能菌的计数，如，硝化细菌和反硝化细菌。假设被测定的微生物在稀释液中均匀分布，并在试管中全部存活，随着稀释倍数的加大，稀释液中微生物的数量将越来越少，直到将某一稀释度的土壤稀释液接种到培养基上培养后，没有或很少出现微生物，根据没有出现细菌的最低稀释度和出现菌落的最高稀释度计算土壤中微生物的数量。

土壤类微生物是土壤中物质转化的动力:如;固氮作用，硝化作用、反硝化作用、腐殖质的分解和合成，土壤酶与微生物细胞一起推动物质转化。土壤类微生物研究方法经历了微生物纯培养、土壤酶活性(BIOLOG微平板分析)、微生物库(如微生物生物量)和流(C和N循环)、微生物生物标记物(FAMEs)、微生物分子生物学技术。