先世系江西彭泽人，曾祖父曾逊，祖父曾辉。父曾璠，嘉靖四十一年
壬戌科进士。曾省吾生于嘉靖十一年（1532年），嘉靖三十五年丙辰科进士。隆庆末年，以右佥都御史巡抚四川，《明史稿》称其“娴将略，善治边”，“莅事精勤，多有建白”。万历元年，四川叙州土司都掌蛮叛乱，曾省吾荐刘显率领官兵十四万出征，“克寨六十余，俘斩四千六百名，拓地四百余里，得诸葛铜鼓九十三”。万历三年六月，升兵部右侍郎。
张居正死后，曾省吾受到牵连，浙江道监察御史王国弹劾曾省吾“勾结冯保，相倚为奸”，“送冯保金银若干两，图谋升官”，户科给事中王继光疏参曾省吾“十罪”。高拱《病榻遗言》说：“隆庆六年，曾省吾授意其门生、户科给事中曹大野弹劾高拱，并许以高官厚禄。”万历十年十二月，被勒令致仕。万历十二年四月，邱橓与锦衣卫都指挥曹应龙、司礼监太监张诚前往张家抄家，张居正长子张敬修被屈打成招，供出曾经向曾省吾、王篆、傅作舟三家转移、藏匿财产，约值银三十万两。张敬修最后自缢死，临死前写下一绝命书。丘橓派人查封曾省吾等人家产，并将曾省吾、王篆法办，“曾角巾青衣，王直囚服乞哀，中官杖之”。万历十二年三月，工科给事中唐尧钦上书要求重惩曾省吾。万历十二年十月，籍没家产，原籍为民，永不叙用。著有《确庵曾先生西蜀平蛮全录》(北京图书馆古籍珍本丛刊，第9册，书目文献出版社1988年)，《千弓坝石桥记》等。《明史》无传。