1952年，由于
高等学校院系调整，曹沛霖进入上海财经学院（1985年更名为上海财经大学）。
1958年，因为中苏关系恶化而取消了马列主义基础教研室，改成社会主义教育课，不久又改为马列主义政治教育系，1960年改政治学系，1964年改为国际政治学系，到2001年成立国际关系与公共事务学院。这段曲折发展的历史，曹沛霖是见证人之一，曹沛霖曾任复旦大学国际政治系系主任、复旦大学首席教授。
曹沛霖从经济学转入政治学研究领域后，曹沛霖主要从事比较政治制度研究，在东西方政治制度与政治比较研究、西方发达国家政治制度和改革实践、发展中国家政治制度改革与发展等作出了一定的成就。他的学术视野大致包括国别政治、国际政治、比较政治体制的研究以及对中国问题的政治学分析。其中，世界议会政治研究是他最见功力的领域。
曹沛霖先后出版和主持翻译了《议会政治》、《政府与市场》、《比较政府体制》、《西方政治制度》、《比较政治制度》、《比较政治学》等著作，许多著作特别是《比较政治学》的翻译出版，影响了一代政治学的发展。
曹沛霖是中国政治学理论博士点最早的博士生导师之一。忆起50年的教师生涯，曹沛霖自豪地说了一句：“我从来没有因为个人事情耽误过教学，上课没有迟到一次！”令他欣慰的是，门下弟子遍布全球，培养的硕士和博士就有70多人，有的硕士到美国深造，取得博士学位后已在大学里获得教职，今日美国政治学界，有不少年轻华人学者就出自“曹门”。对于众人的赞誉，他说：“我不过是把自己发现的东西记录在册，把我知道的真相告诉给学生。”
曹沛霖和
王邦佐、孙关宏、
王沪宁等教授一起，为“文革”后复旦政治学研究的复兴作出了贡献。