公元1644年，李自成入京，明祟祯皇帝朱由检自缢，总兵吴三桂投降清军，遂引清兵入山海关，大明王朝分崩离析。是时，福王朱由崧在金陵即帝位，号弘光。翌年四月，清军破扬州，屠城十日，金陵政权旋即覆灭。六月，清军下苏、杭，直逼婺、衢。与此同时，唐王朱隶键在福州即位，改元隆武，鲁王朱以海，在绍兴监国，继续与清军抗衡。衢州府及其各县明地方政权处于大军压境、山雨欲来风满楼之境地。而唐王朱隶键又以衢州散卒入建宁，更犹如釜底抽薪。
衢州知府伍经正，安福人，原为西安知县，刚擢知府不久。面对困境，知其不可为而为之。顺治二年(1645)，徽州有警，伍经正命把总叶林统兵300赴守开化，岂知士兵到了县署，拔刀索饷，激起民愤，知县臧余恺在士民的拥护下缴了府兵的弓刀铳盾，叶林兵遂散。十月，唐王命郑鸿逵分兵两路，黄光辉越马金岭入安徽境，屯休宁之黄源；施福由大镛岭取
婺源。十二月，郑鸿适兵败于徽州。三年正月初一，清提督张天禄追至开化县城，知县携印先逃，典史钟淑哲率士民迎谒，生员施建元、汪宗月、刘国裕皆不屈被杀。初三日，清军驻营密塞。初六日，婺源守将从大镛岭、潭头、池淮等地暗中向县城运动。初十日，张天禄率师回歙，城中无备，华埠、独山诸处道路因雪梗塞，明将蒋若来突率兵数百，擒典史钟淑哲而去。于是，唐王监军黄天复、章张来县，以常州人朱显宗为知县。五月，张天禄檄芜湖总兵卜从善率兵攻开化，与守军战于礼扳，无奈明军统兵将领不和，阵前受挫，3000士卒降。正解甲时衢州府派援兵300铳手至，刹时，铳声四起，卜从善闻之，即将3000降卒尽杀之，溪水为之不流。城中军民逃遁。清军追至常山，遂破城，。开化、常山二县皆失。
龙游为衢州东大门。乙酉年(1645)，先有金陵赵明怀溃兵之警。
知县黄大鹏、训导张鹏腾至军前说情，全县得无事。嗣后；黄大鹏闻婺州陷，自知回天乏力，遂封府库，缮册籍，不取一钱，孑身入闽，投唐王朱隶键帐下。县事由县丞何琦主持。当时唐王、鲁王相争金华、衢州诸县，各立派系。有益阳王来龙游，自称监国，设王府，招募兵马。时镇将张鹏翼自绍兴赴衢，过城下，益阳王不纳，张鹏翼攻城，益阳王为乱兵所杀。益阳王据龙游城凡四月，城中掘地为堑，城外西南附郭民居悉行拆毁，龙游元气伤残贻尽。顺治三年(1646)六月，清兵自金华至，县丞弃城逃跑，城中百姓四出逃匿，城虚巷空，清知县张昌期单骑先至，收府库册籍，招抚流亡百姓。龙游县遂入大清版图。
衢州城防坚固，先有金陵溃兵赵明怀过衢入闽，一路剽掠，为害地方。衢州府司理彭遵琦、守戍张文，拥有步兵数百，原主张率百姓万余，并邀赵兵入城共守。不料赵兵到城北清源磨盘山，即与地方守军大战，杀军民数百人，城中震恐。翌日自源口叶坂去，所过东北各乡，被屠戮甚惨。八月，清征南大将军贝勒博兵至衢州城下，知府伍经正率守军官吏及百姓顽强抵抗。城破，伍经正投井而死，御史王景亮、推官邓严忠自缢。镇将张鹏翼、吴凯、总兵项士鸣等文官武将皆被清军所杀，另有蜀王朱盛浓、乐安王朱谊石当时在衢，一并遇难。其中有西安人徐日舜，字五臣，少年时拓江湖；后由卒伍升为贵州参将。
甲申之变后，率苗兵数十人回乡，誓为保卫桑梓出力。城破时犹披甲乘马往返冲杀，勇猛无比，力竭被擒。临刃时仍破口大骂不绝，清兵以矢贯穿其舌端，尚凛凛不屈，脸色如平常。
当初，唐王朱隶键曾命兵部侍郎兼石佥都御史杨文骢领兵攻打南京，后闻衢州
告急，急令杨与诚意伯刘孔昭共援衢。途中与清兵遇，杨、刘不能御，败退，被清军追骑俘获，与监纪职方主事孙临具不降而被杀。
衢州一失，闽地屏障遂开，唐王朱隶键抗清复明的前途顿时黯淡。江山知县方召，闻清兵将至，对众僚说：“吾义不当去，然不可以一人故至阖城被殃。”于是封印投井而死。江山未攻而破。十二月清军攻占仙霞关，入闽天堑变通途。
衢城虽破，不向清廷俯首称臣者皆遭
杀戮，但活者仍坚持不屈的抗争。衢城军民有魏福贤、李遂、汪长寿、方世法、郑三七等人转移至南山与清军抗衡，持续了数年。清顺治五年(1648)，赵之超起兵反清，声势波及临安。清廷出兵镇压，同时任命陈锦为浙闽总督，移驻衢州，竟达十年之久。