明代档案在当时已多次被烧毁、变卖，清代又数次销毁，所以几乎损失殆尽。保存下来的明档绝大部分是清初为修明史而收集的。顺治、康熙两朝都曾诏令征集，但只收集到2万多件,保存于内阁大库。清末，内阁大库部分倒塌，大量明档随其他档案一同流于宫外，后酿成八千麻袋事件，所剩寥寥。
中华人民共和国建立后，
中国第一历史档案馆陆续将幸存于
北京大学、东北图书馆、
中国人民大学等处的明档集中，同仍藏于内阁大库的部分明档一起保管，计有3000余件。其记事年代自洪武四年(1371)至崇祯十七年(1644)，包括洪武、
永乐、宣德、
成化、
正德、
嘉靖、
隆庆、万历、泰昌、天启、
崇祯以及南明弘光时期的档案。其中以天启、崇祯朝最多。档案多源于兵部，约占95%，礼部内阁次之。文种以题行稿、科抄题本奏本居多,约占85%,其余有谕、诰命、奏疏、奏表、揭帖、呈、禀、启本、手本、塘报、咨文、付、舆图、契约、税票户口单状纸、钞票、实录、圣训及各种簿册。其中有洪武时户口单，地契，永乐皇帝颁给西藏释迦摄聂嘛的谕，成化时颁给功臣的免死铁券，反映李自成领导农民起义及郑芝龙在海上活动情况的文件，记载漕运、屯垦、租佃关系等的经济文书，武职选簿、稿底簿等簿册,大明混一图等重要舆图,弘光时期关于辨别真伪太子的揭帖，修辑《明会要》、《明史纲目》、《明通鉴纲目》等的稿本等等。
藏于各省档案馆的明档数量不多，除
西藏、
台湾等地外，多是零星收集而得。如
台北故宫博物院所存明太祖书御笔，辽宁所存辽宁都司、山东都司、兵部的档案及戚继光手迹，西藏所存永乐、宣德、弘治等历朝皇帝封赐西藏政教首领的谕及西藏地方文书，甘肃所存永乐皇帝保护宗教的谕旨，青海所存天顺二年(1458)英宗赐给
右军都督府右都督李文的铁券 (见彩图[明代天顺年间英宗帝颁给功臣的免死铁券背面]，[明代天顺年间英宗帝颁给功臣的免死铁券正面]) 及万历年间陕西监察御史的训令,贵州所存永乐崇祯年间的诰等此外，国内外一些其他机构和私人手中也分散收藏有一些明档。