昆明市教育科学研究院前身是成立于1956年的
昆明市教育局教研室，2005年正式更名，属全额拨款的事业单位，是集教育教学研究、教育科研和指导培训为一体的综合业务部门。
主要负责我市职业教育与信息技术、
研究性学习、社会实践、劳动技术等学科的教育教学的研究、指导、管理、评价和服务工作。
昆明市教育科学研究院核定事业编制55名，核定领导职数5名，专业技术人员44名，工勤人员6名；昆明市中小学生课外科技教育活动中心核定事业编制16名，领导职数1名，专业技术人员13名，工勤人员2名。两个单位实行“两块牌子、一套班子”的管理体制，教科院代管昆明市中小学生课外科技教育活动中心。两个单位现有在职在编人员55人。其中，管理人员7名，单位领导正职2名、副职3名（双肩挑），其他管理人员2名(主任科员,享受管理七级工资待遇、过渡岗位)，
专业技术人员47名（含科教中心11人）。现有在编人员中，副高级职称33名，中级职称10名，初级职称2名，未定职2名、工勤技能人员6名（高级工5名，中级工1名）。
通过开展研究、指导、管理、评价、服务，承担教育教学理论的传播、交流、转化、教育思想的创新，素质教育的设施及全市教育科研的规划、管理等工作，为上级行政部门教育宏观决策提供服务，为学校提供理论与实践的指导和服务，研究并解决教育教学改革与发展中的实际问题。昆明市教科院现设院办公室、教育理论发展研究室、义务教育教学研究室、高中教育教学研究室、德育体育艺术心理教育研究室、职教与综合实践活动教育教学研究室6个室。