在克隆人战争期间，由于其议员米·迪奇死于议会谋杀案，作为共和国重要补给线的昂巴拉星球倒向分离势力。为了解决外环战局的危机，共和国深入偏僻的幽灵星云意图打破分离势力的封锁。在黑暗世界昂巴拉的一场突击行动期间，
天行者将军被召回科洛桑。他必须将
501军团的指挥权让给绝地大师庞·克雷尔，后者被证明对克隆人持有偏见。
为了切断敌军机场对于首都的补给线，克雷尔将军发动了一次近乎自杀式的突击，攻占一座戒备森严的昂巴拉军空军基地。雷克斯上尉率领的克隆人军队损失惨重。面对敌方的重型坦克，雷克斯上尉不顾克雷尔制定的危险战术，派遣“悍将”和“五号”对敌军机场发动了一次偷袭，夺取了对方的战斗机并摧毁了对方的坦克，最终瓦解了敌方的防守，攻占了敌方的空军基地。而这更加激化了众人对于克雷尔领导能力的怀疑，就在克雷尔与雷克斯僵持不下时，他们得知昂巴拉人化装成克隆人即将展开进攻，克雷尔下令先发制人，他命令雷克斯立即进攻并且杀无赦。
501的士兵与所谓的伪装成克隆人的昂巴拉士兵交火了，然而雷克斯发现了其中的蹊跷，那些“敌人”根本就是自己人，雷克斯发觉这一切是克雷尔的阴谋，他早已和昂巴拉的分离势力勾结，雷克斯等人最后粉碎了变节绝地克雷尔的阴谋。