旗舰校区多数指代美国公立大学（系统）中的实力雄厚或最早创建的校区。区别于国内的大学与分校的从属关系，美国大学系统中各分校为独立运营的学校，不区分主校区和分校区。大学系统仅负责协调各个校区的关系和大学系统层面的战略布局。因为其独立平等的地位，美国部分公立大学系统通常会挑选一个或多个实力雄厚或较早创建的校区作为旗舰校区(Flagship Campus)。例如公认的旗舰校区有：加利福尼亚大学（UC）中，加州大学伯克利分校（UCB）为北旗舰校区，加州大学洛杉矶分校为南旗舰校区；纽约州立大学（SUNY）中，布法罗大学、宾汉姆顿大学、石溪大学、奥尔巴尼大学为四大旗舰校区；马萨诸塞大学（UMass）中，马萨诸塞大学阿默斯特分校为旗舰校区；科罗拉多大学中，科罗拉多大学博尔德分校为旗舰校区。