2010年8月29日下午，方舟子在北京市石景山区的住所附近遭两歹徒袭击。9月21日经警方初审，系因学术打假遭华中科技大学同济医学院泌尿外科主任肖传国报复。10月10日，石景山法院对“方舟子方玄昌遇袭案”一审宣判，肖传国、戴建湘等5名被告人寻衅滋事罪成立，被判处5个半月至1个半月不等拘役。

被喷“辣椒水”

我当时接受辽宁电视台采访出来，其中有一个人跑出来，往我的脸上喷东西，我一开始以为是辣椒水，想想可能是麻醉剂，乙醚之类的，吸进去以后觉得人好像整个要晕过去了。（方舟子自述）

遭铁锤砸腰

随后我强撑往前跑，他们在后面追，要用铁锤砸我的头，没有砸到，随后他们就把铁锤扔过来，第一次没有砸中，第二次砸到我的腰了。（方舟子自述）

北京警方21日晚8时在此间举行新闻发布会称，21日下午5时许，该案主要犯罪嫌疑人肖传国因故意伤害罪在其参加学术交流时在上海浦东国际机场被警方抓获。

据北京警方介绍，警方经过缜密侦查，一举抓获该案4名嫌疑人，其中一人是华中某大学医学院泌尿外科主任肖传国，缴获羊角锤、钢管等作案工具。

经警方初步审查，该案是因为肖传国认为方舟子通过媒体、网络对其学术“打假”，从而导致其未能入选中国科学院院士。肖传国为报复逐指使戴建湘，由戴建湘组织龙光兴等人实施犯罪行为。据介绍，戴是肖传国的远房亲戚，主犯肖传国花10万元雇佣戴建湘作案。

2010年10月8日上午，华中科技大学教授肖传国等5人被北京石景山检察院以涉嫌寻衅滋事罪正式提起公诉。

石景山检察院的起诉材料显示，华中科技大学教授肖传国因对方舟子、方玄昌等人在互联网和其他媒体上质疑其学术成果不满，遂接受远房亲戚戴建湘找人殴打方舟子二人的提议。随后，在北京做生意的戴建湘找到社会闲散人员许立春，并将肖传国提供的“二方”照片、住址等信息及部分资金交给同为闲散人员的许立春。随后，他们在6月24日、8月29日先后对方玄昌、方舟子实施了殴打。

2010年10月10日上午9点到下午5点，经过8个小时庭审，方舟子遇袭案在石景山区人民法院一审宣判。

5名被告人均被认定寻衅滋事罪名成立，肖传国和戴建湘被判处拘役5个半月，许立春拘役4个月，龙光兴拘役3个月，康拥军拘役1个半月。

2010年10月15日，方舟子和方玄昌正式向石景山检察院申请对肖传国寻衅滋事一案提出抗诉。在申请书中，“二方”列出了一审程序违法、认定事实有误、适用法律错误、量刑过轻、事实定性错误五大理由。

2010年10月15日，因袭击方舟子、方玄昌被判刑的戴建湘向法院提交上诉状，称事件只是治安案件，自己应无罪。15日，“二方”向检察院提交抗诉申请书，申请重新鉴定伤情。

2010年11月4日，法院终审维持一审判决，肖传国因寻衅滋事罪被判拘役5个半月。