方念祖，广东人，曾留学日本海军学校。后随沈鸿烈在东北海军服役，先后任镇海舰、肇和舰舰长。1932年春天，1932年，青岛发生了所谓“崂山事变”。参加这一事变的有第一舰队舰队长凌霄、海琛舰长刘田甫、肇和舰长方念祖、镇海舰长吴兆林等人。 他们将司令沈鸿烈绑架至崂山上清宫海军督练处，当时方念祖和吴兆林二人坚持要将沈杀掉，而黄刘坚不同意，凌霄的态度是无可无不可。后来沈鸿烈被救脱险，方念祖离开海军舰队离开青岛南下广东。

1933年6月24日夜，东北海军的海圻 、海琛和肇和三舰南下叛逃，陈济棠任命方念祖为肇和舰舰长。

抗战爆发后，日本海军封锁珠江口，大敌当前，在平时闲谈中，方念祖当众说日舰炮火如何的厉害，航速如何的快，我舰各方面均落后等等。

1937年9月14日凌晨，肇和号巡洋舰和海周号炮舰开始例行巡逻，刚刚驶出舢板洲锚地，了望兵就发现三艘日舰已经迎面扑来。海周舰由舰长陈天得至水兵各站本位向日舰狠狠的回击。而肇和舰则由于舰长方念祖贪生怕死，畏缩不前，不敢抵抗。后因虎门要塞积极地发炮支援，飞机也及时奉命到来助战，3艘日舰才不得不退去，两舰才免于难。事后，经上级裁决：肇和舰长方念祖以临阵退缩罪，判处枪决。