新疆维吾尔自治区水利厅是新疆维吾尔自治区人民政府职能部门，是新疆维吾尔自治区水行政主管部门。
主要职责
（一）负责保障水资源的合理开发利用。起草相关地方性法规和规章，拟订水利发展政策，组织编制自治区流域综合规划、防洪规划、地下水开发利用保护规划、水能规划等自治区重大水利规划，并依法监督实施。制定水利工程建设有关制度并组织实施，负责提出水利固定资产投资规模和方向、国家及自治区财政性资金安排的意见，按照规定权限，审批、核准规划内和年度计划规模内固定资产投资项目；提出水利建设投资安排建议并组织实施。
（二）负责生活、生产经营和生态环境用水的统筹兼顾和保障。实施自治区水资源的统一监督管理，拟订自治区水中长期供求规划、水量分配方案并监督实施，组织开展水资源调查及水能资源调查评价工作，负责重要流域、区域以及重大调水工程的水资源调度，组织实施取水许可、水资源有偿使用制度和水资源论证、防洪论证制度；负责水能资源开发利用、水电建设管理，指导水利行业供水和乡镇供水工作。
（三）负责水资源保护工作。组织编制自治区水资源保护规划；组织拟定重要河流湖泊的水功能区划并监督实施；指导入河排污口设置工作，核定水域纳污能力，提出限制排污总量建议；指导饮用水水源保护工作；指导地下水开发利用和城市规划区地下水资源管理保护工作；指导水生态保护与修复工作。
（四）负责防治水旱灾害，承担自治区防汛抗旱总指挥部的具体工作。组织、协调、监督、指挥自治区防汛抗旱工作#对重要河流、湖泊及水工程实施防汛抗旱调度和应急水量调度。指导水利突发公共事件的应急管理工作。
（五）负责节约用水工作。拟定节约用水政策，编制节约用水规划。制订有关标准定额，组织、指导和监督节约用水工作，组织指导节水型社会建设工作。
（六）负责水文工作，对水文工作实行行业管理。组织实施水文水资源监测、水文站网建设和管理，发布水文水资源信息、情报、预报和自治区水资源公报。
（七）指导水利设施、水域及其岸线的管理与保护，指导河流、湖泊、水库、河口、滩涂的治理和开发；负责河道管理范围内工程项目建设的管理，组织实施河道采砂许可制度。
（八）指导水利工程建设与运行管理。组织具有控制性或跨流域、跨区域的重要水利工程的建设与运行管理。组织实施水利工程建设的监督和稽察。指导水利建设市场的监督管理。
（九）负责防治水土流失。拟定水土保持规划并监督实施，组织水土流失的综合防治、监测预报并定期公告，负责开发建设项目水土保持方案的审批、监督实施及水土保持设施的验收工作，组织水土保持设施补偿费和水土流失防治费的征收及监督使用，指导重点水土保持建设项目的实施。
（十）指导农村水利工作。组织协调农田水利基本建设、农村饮水安全、节水灌溉等工程建设与管理工作+组织指导牧区水利工作，指导农村水利社会化服务体系建设+指导农村电气化和小水电代燃料工作。
（十一）负责重大涉水违法事件的查处，协调、仲裁自治区境内重大水事纠纷。组织指导水政监察和水行政执法。监督指导水利行业安全生产工作，指导水利工程的安全监管。
（十二）开展水利科技、教育和外事工作。组织重大水利、水电、水产、风能等科学研究、技术引进和科技推广，拟订水利地方技术标准、规程规范并监督实施；组织开展自治区水利行业质量监督工作；指导水利信息化工作；会同有关部门办理国际河流有关涉外事务；指导水利行业外资引进工作。
（十三）承担自治区人民政府交办的其他事项。
内设机构
（一）办公室
1.协助厅领导对厅机关工作进行综合协调，组织厅机关日常工作。
2.负责厅机关公文处理、督办督查、政务信息、政务公开、保密、机要、密码、信访、档案、国家安全人民防线、收发、文印等工作。
3.负责组织协调召开重要会议，负责组织厅重要公务接待工作。
4.组织草拟厅综合性重要文稿，承担厅印章的管理。组织起草机关规章制度。
5.负责做好厅机关固定资产实物管理工作。
6.组织自治区人大和政协建议、提案的办理工作。
7.指导做好机关房产、后勤、安全生产、计划生育、院
内绿化、爱国卫生等工作。
8.负责水利志的修编工作。
9.承办厅领导交办的其他事项。
（二）规划计划处
1.拟订自治区水利发展战略规划，中长期水利改革发展规划，拟订跨地（州）市和涉及兵团用水的中长期供求计划。
2.组织编制重大水利综合规划、专业规划及专项规划。组织编制、报批重点水利工程项目前期。组织重大水利规划实施评估工作。
3.组织水工程建设项目合规性审查工作，牵头组织洪水影响评价类审批事项，负责水工程建设规划同意书制度的组织实施。
4.审核重大水利工程项目的项目建议书、可行性研究报告和初步设计报告。
5.组织提出中央预算内水利建设投资、中央水利发展资金、自治区区级水利建设资金、水利前期费规模、方向以及年度安排建议计划。组织编制、综合平衡和执行水利基本建设、水利专项建设、前期工作的年度安排建议计划。组织指导水利固定资产投资计划执行。组织中央水利资金的绩效评价。
6.组织监督检查水利基本建设项目计划和资金的落实、使用、完成情况。
7.承办水利基本建设、水利综合统计工作，承担水利规划、计划、项目前期工作的培训。
8.协调做好水利项目融资等工作。
9.负责水利援疆工作。
10.指导做好水利规划与勘察设计市场的管理工作。
11.承办厅领导交办的其他事项。
（三）财务审计处
1.审核编制自治区本级水利部门预决算，负责预算执行，归口提出水利厅非建设性财政项目资金安排的意见。
2.负责监督自治区本级水利资金管理使用、绩效评估和考核工作，负责厅属单位财政性资金的支付管理。
3.承担水利厅国有资产监督管理工作，办理厅属各单位（所属企业）的产权登记、资产处置等有关工作。
4.指导、组织和开展水利行业内部审计工作。
5.研究拟订水利厅预算管理、财务管理、政府采购、内部审计等方面的制度并组织实施。
6.研究提出有关自治区水利税费、基金、信贷政策建议。
7.指导水利行业财务管理工作，指导水利厅会计核算中心的会计核算工作，配合办公室监管水利厅机关国有资产。
8.组织实施水利财务人员及内审人员的后续教育培训工作。
9.负责厅属企业领导小组办公室日常工作。
10.承办厅领导交办的其他事项。
（四）水政水资源处
1.承担实施最严格水资源管理制度等相关工作，负责最严格水资源管理制度考核。组织编制并发布自治区水资源公报。
2.组织实施水资源取水许可、水资源论证等制度。指导开展水资源有偿使用工作，指导水权制度建设。按规定指导城市水务方面的有关工作。
3.指导地下水开发利用和地下水资源管理保护，指导地下水超采区综合治理。
4.组织实施流域区域取用水总量控制。指导水量分配工作并监督实施，指导河湖生态流量水量管理。
5.组织编制水资源保护规划，指导饮用水水源保护有关工作，参与编制水功能区划和指导入河排污口设置管理工作。
6.指导水资源费的征收及监督使用。
7.指导水文工作，组织开展水资源调查、评价有关工作，按规定组织开展水资源承载能力预警工作，指导水资源监控能力建设。
8.承办厅领导交办的其他事项。
（五）建设与管理处
组织拟订水利建设政策、法规、制度并监督实施。指导水利设施、水域及其岸线的管理和保护。指导河湖及河口、滩涂的治理和开发。组织实施河道范围内工程建设方案审查制度。组织实施河道采砂管理工作。指导水利工程建设与运行管理；指导水利建设项目的主体工程开工审批、蓄水安全鉴定、验收、后评价等；组织具有控制性或跨流域、跨区域的重要水利工程建设与运行管理；组织实施水利工程建设的监督和稽察；负责水利行业工程质量、造价、监理的管理工作；负责管理水利建设市场，监督指导市场准入。
（六）水土保持处
1.组织、协调、指导全区水土保持工作，组织、协调全区水土流失综合防治、监督管理和监测评价。
2.组织拟订水土保持法规、制度和技术标准并监督实施。
3.组织编制和监督实施全区及重点区域水土保持规划，负责落实全国规划实施情况的考核评估，组织开展全区水土保持目标责任考核。
4.负责水土保持监测和信息化应用工作，组织全区水土保持监测网络的建设和管理，组织全区水土流失调查、动态监测、预报并公告。
5.负责大中型生产建设项目水土保持方案的审批、监督检查及水土保持设施自主验收的报备与核查。
6.组织、协调水土流失综合防治，指导水土保持重点工程实施和生态清洁小流域建设。
7.指导水土保持补偿费的征收及监督使用。
8.指导水土保持科技推广和技术服务工作。
9.承办厅领导交办的其他事项。
（七）农牧水利处
1.指导农村水利和农村水电工作，组织拟订农村水利和农村水电发展规划并监督实施。组织开展大中型灌排工程建设与改造。
2.组织编制大中型灌区与灌排骨干工程相关规划，指导开展大中型灌区与灌排骨干工程建设前期审批工作，组织开展计划编制工作，组织开展大中型灌区与灌排骨干工程的督导检查、评估及绩效评价等工作。
3.指导农村饮水安全工程建设与管理。组织开展规划和计划编制工作，指导开展前期审批工作。指导开展农村饮水安全工程的督导检查、评估及绩效评价等工作。
4.指导节水灌溉有关工作，指导农业水价综合改革工作。组织开展灌溉有效水利用系数测算分析工作。
5.组织拟订农村水能资源开发规划，指导农村电气化、农村水电增效扩容改造以及小水电代燃料等农村水能资源开发、建设和管理工作。
6.指导自治区农村水利社会化服务体系建设。
7.承担协调牧区水利工作。指导编制和实施牧区水利相关规划，协调牧区水利工作中的重大问题。
8.组织开展自治区农田水利基本建设“天山杯”竞赛评比活动。
9.组织开展小型农田水利建设计划编制工作。
10.负责水利扶贫工作。
11.承办厅领导交办的其他事项。
（八）科技与国际合作处
1.负责组织编制水利科技发展规划并组织实施和监督检查；组织开展跨区域跨部门重大水利科技科研攻关。
2.组织开展水利科研项目申报、项目执行管理，负责水利科研成果登记、成果转化工作，组织开展水利新技术引进、示范推广及水利专业科普宣传活动。
3.组织拟定水利地方技术标准、规程规范，负责宣传、监督实施。
4.组织开展水利学术交流活动。
5.负责办理水利科技知识产权有关事宜。
6.协助办理国际河流有关涉外事务。
7.指导水利行业外资引进工作。
8.承办厅领导交办的其他事项。
（九）安全监督处
指导水利行业安全生产工作，组织开展水利行业安全生产大检查，承担自治区水利厅安全生产领导小组办公室的日常工作；监督指导水库、水电站、大坝的安全监管，组织实施水利工程安全监督；指导水利水电工程设施、防洪设施、水库大坝及重点水利工程的安全监管和保卫工作；组织参与重大水利安全事故的调查处理。指导水利重大安全事故的应急处理。
（十）政策法规处
1.组织拟定水利行业地方性法规和政府规章草案，承担地方水利立法协调、后评估、清理、解释等工作，承办有关部门起草的法律、行政法规、部门规章征求意见答复工作。
2.组织水利发展重大政策调查研究工作。
3.研究和组织拟订综合性水利政策并监督实施。指导
政策研究项目管理，推动研究成果转化应用。
4.指导水利系统依法行政工作，组织协调厅依法行政和法治政府建设工作。指导水利行政许可工作并监督实施。指导水事纠纷预防调处工作，协调和仲裁跨地（州、市）、兵团、中央驻疆单位水事纠纷。
5.指导水政监察和水行政执法，指导水政监察队伍建设，组织建立水行政执法制度，负责水利法律、行政法规和部门规章实施情况的监督检查，组织指导重大涉水违法案件的查处。
6.承办厅行政应诉、行政复议和行政赔偿工作。承担厅规范性文件审查、法律文书文件合法性审核和流域管理机构规范性文件备案管理等工作。承办厅法律顾问和公职律师工作。
7.指导厅法治宣传教育和普法工作，组织拟订厅普法规划和年度计划并监督实施。
8.指导行业体制改革工作。负责水利厅深化水利改革领导小组办公室日常工作,统筹协调改革任务，调研总结典型经验，收集报送改革信息等。
9.承办厅领导交办的其他事项。
（十一）宣传教育培训处
1.拟定水利宣传教育规划和计划并组织实施。
2.组织厅宣传、新闻发布和舆情分析工作，指导厅系统宣传、水情教育和水文化建设工作。
3.组织开展水利建设、水资源管理、水生态保护等方面的宣传教育工作。负责中国水利报新疆记者站工作。
4.指导做好水利信息化工作。指导做好新疆水利门户网站工作，负责厅网站的审读审核工作。
5.负责水利系统职工培训、继续教育、职业技能鉴定及水利行业特有工种职业技能鉴定站工作。会同有关处室开展专项培训工作。
6.指导厅属院校工作。
7.负责水利行业特有工种技术工人等级晋升、培训、考核工作。组织开展水利行业特有工种职业技能竞赛工作。
8.承担水利厅机关和厅属事业单位非水利工种技术工人等级资格初审和上报工作。
9.组织实施水利厅机关干部职工健康体检并配合卫计委做好厅系统厅级干部、厅享受国务院特殊津贴专家的健康、体检服务工作。
10.负责厅机关和直属事业单位职工工作证的办理。
11.承办厅领导交办的其他事项。
（十二）机关党委
1.负责厅机关及直属各单位的党群工作。
2.承担厅党组履行党建主体责任的日常工作，组织协调厅直属单位党建工作。
3.承担厅党组履行党风廉政建设主体责任的学习、教育、监督纪检监察干部等日常工作，组织协调厅直属单位党风廉政建设。
4.宣传党的路线、方针、政策，负责厅党组党校日常工作。做好党员、群众思想道德教育工作。
5.负责管理机关各处室党组织。指导厅各单位召开党员大会和党员代表大会和党委换届工作，按管理权限，负责厅机关违纪违法科级及以下党员及受监察人员的处理工作。配合做好干部队伍建设工作。
6.组织指导党员发展、党员监督和管理服务工作，对入党积极分子进行教育、培养和考察，做好发展党员工作。做好厅所属党组织党员的组织关系转接及党费的收缴管理使用。
7.领导厅机关工会、共青团等群众组织，支持群团组织依照各自章程独立负责开展工作。负责意识形态、民族宗教等工作。
8.负责机关纪检工作，对所属厅机关党组织和科级及以下党员及受监察人员进行监督执纪问责。
9.承担厅党建研究会的日常工作，指导行业精神文明创建工作。
10.承办厅领导交办的其他事项。
（十三）监察室（与纪检组合署办公）
为自治区纪委（监察厅）的派驻机构，负责机关和所属单位纪律检查和行政监察工作。
（十四）离退休干部工作处
1.负责机关的离退休干部工作，指导厅各单位的离退休干部工作。
2.负责机关离退休党总支和各支部的党建工作，组织做好离退休干部思想政治学习工作。
3.依照有关规定，落实好离退休人员的政治和生活两项待遇，做好离退休人员的服务管理工作。
4.负责厅机关及直属单位离休人员医疗周转金办理工作。
5.负责厅属企业离休干部和建国前参加革命工作的退休老工人医疗保险补助金的办理工作。
6.负责关心下一代工作。
7.承办厅领导交办的其他事项。
（十五）人事处
1.拟订水利系统人才规划及相关政策，组织指导机关及厅各单位干部人事制度改革。
2.负责机关及厅各单位领导班子和干部队伍建设工作。
3.负责干部监督和因公（因私）出国（境）管理工作。负责挂职干部的选派和管理工作。承办厅管干部日常管理工作。负责干部人事档案管理工作。
4.负责思想政治和统战等工作。负责水利社团管理有关工作。
5.组织拟订机关及厅各单位领导干部教育培训规划并组织实施。
6.负责机关公务员和参照公务员法管理单位工作人员招录、职位管理等工作；负责事业单位内部机构设置、岗位设置和人员招聘等工作；负责事业单位机构和人事制度改革工作。
7.负责机关及厅各单位人员编制、调配等工作。
8.负责职称评审、专家管理工作，指导厅各单位做好专业技术职务评聘工作。
9.负责机关及厅各单位工资福利工作，指导津补贴工作。负责干部退休、病退、辞退及探亲休假等工作。指导厅直属单位收入分配制度改革。
10.负责水利干部人事统计工作，归口管理厅表彰奖励工作。负责军转干部及复员军人安置工作。
11.承办厅领导交办的其他事项。
（十六）河湖管理处
1.负责组织推进全面推行河湖长制工作，拟定并组织实施自治区河湖长制相关制度，组织对河湖长制实施情况进行监督检查及考核评估。
2.指导全区河流“一河一策”、湖泊“一湖一策”方案编制并组织实施。
3.指导全区水域及其岸线的管理、利用及保护和水利风景区建设管理工作，开展水域及其岸线确权划界工作，组织全区河湖岸线管理利用规划编制并监督实施。
4.指导重要河流湖泊、河口的开发、治理和保护，负责监督河湖管理范围内的建设项目和活动，组织实施河湖管理范围内工程建设方案审查制度。
5.指导全区水生态修复以及河湖水系连通工作。
6.指导、监督全区河道采砂管理工作，指导采砂规划和计划的编制。
7.负责全区河湖长制信息化管理平台的建设管理及维护。
8.承担自治区全面推行河湖长制领导小组办公室日常工作，协助自治区级河长湖长开展河湖巡查调研、召开联席会议，完成河长湖长交办的其他事项，履行自治区河湖长制办公室职责。
9.负责全区河湖长制相关工作的培训、宣传。
10.承办厅领导交办的其他事项。
（十八）水旱灾害防御处
1.组织编制重点河流和重要水工程防御洪水方案和洪水调度方案并组织实施。
2.组织编制干旱防治规划及重点河流和重要水工程应急水量调度方案并组织实施，指导编制抗御旱灾预案。
3.负责对重点河流和重要水工程实施防洪调度及应急水量调度，协调指导山洪灾害防御相关工作。
4.组织协调指导洪泛区、蓄滞洪区和防洪保护区洪水影响评价工作。
5.组织协调指导水情旱情信息报送和预警工作，组织指导水库蓄水和干旱影响评估工作。
6.指导重点河流和重要水工程水旱灾害防御调度演练。
7.组织协调指导防御洪水应急抢险的技术支撑工作。
8.组织指导水旱灾害防御物资的储备与管理、水旱灾害防御信息化建设和洪水风险图编制运用工作，负责提出水利工程水毁修复经费的建议。
9.承办厅领导交办的其他任务。
人员编制
自治区水利厅机关行政编制为90名。其中：厅级领导职数7名（含纪检组长），政治部主任1名，总工程师1名、总规划师1名，处级领导职数36名（含机关党委专职副书记1名、离退休干部工作处领导职数3名）。
自治区纪委（监察厅）双派驻纪检监察机构行政编制另文下达。
直属单位
自治区水电及农村电气化发展中心
改水防病办公室
自治区防汛抗旱服务中心
水利水电规划设计管理
新疆水利科技推广总站
自治区农村饮水安全管理总站
农牧区水利规划总站
水政监察总队
自治区水利管理总站
自治区灌溉排水发展中心
自治区寒旱区水资源与生态水利工程研究中心
自治区水利外资项目中心
水利经济民警
新疆水土保持生态环境监测总站
机关服务中心
塔里木河流域执行委员会办公室
水利厅建设管理与质量安全中心
水资源中心
网络信息中心
水资源规划研究所
塔里木河流域管理局
水文局
水利水电科学研究院
克孜尔水库管理局
玛纳斯河流域管理处
金沟河流域管理处
吉音水库建设管理
自治区水产局
乌鲁瓦提水利枢纽管理局
新疆水利厅头屯河流域管理处
喀什噶尔河流域管理局
历史沿革
新疆地处亚洲内陆腹地，属干旱半干旱地区，远离水汽源，气候干燥，降雨稀少，蒸发强烈，干旱是新疆自然地理的基本特征，是典型的灌溉农业。新疆水利灌溉有悠久的历史，历来的统治者都也重视水利工作。不注重兴修水利，则国计民生无以为继，只是各个时期的生产力水平、管理水平、生产关系的不同，或随着政局的战乱与稳定不同，水利机构的建立与完善程度和水利的治理水平不同而已。本沿革因时间久远、有些资料缺少文字记载只好“阙如”了。
1759年，满清政府在伊犁设新疆总统将军，由清朝军事长官：既统辖军队又统辖军垦，也管水利，地方实行伯克，管水利的伯克叫密剌布伯克。
1884年，新疆共设四道六府八个直隶厅，二个分防厅，水利工作附在农事之内。
1915年2月，民国初年，新疆都督杨增新，在新疆成立了第一个专业水利委员会。1916年7月6日，新疆督军署下设政务厅，政务厅下设实业科，实业科内有管水利的。1917年9月8日，新疆设实业厅，实业厅主管新疆的农林工矿垦牧水利。
盛世才时期，新疆的水利由农矿厅管理。以后（ 1933年），水利工作又由建设厅管理。1940年，新疆建设厅下设水利科。李万义、郭彦侠、孙家禄先后任该科科长。
1944年6月7日，国民党重庆中央行政院水利委员会薛笃弼委员长派遣一个水利勘测总队到新疆工作。王鹤亭时任总队副总队长代理总队长兼总工程师。
1946年6月，张治中主持新疆国民党省政府并与三区革命地区和谈成功，重新组成联合政府，水利科仍下属省建设厅。
1946年6月6日（相传为大禹诞辰的节日），新疆省政府决定建设厅的垦殖科、水利科人员与新疆水利勘测总队部分人员合并正式成立新疆省政府水利局。局长兼总工程师王鹤亭；副局长孙家禄、马吉提·阿克毛拉也夫、顾问顾乾贞、涂治、副总工程师刘钟瓒、张家瑶。一直到1949年新疆和平解放。
解放前，新疆省水利局直属水利机构有：第一、二、三、四工程处，第一、二、三测量队，第一、二、三、四工程队，第一、二、三、四工务所，新疆水文总站，迪化水文站，焉耆水文站，天池水文站，天池水库管理所，红雁池水库管理所、迪化代水泥制造厂。
1944年以后各县成立水利委员会的有：河南县（查布察尔）、巩哈县（尼勒克）、呼图壁县、绥来县（玛纳斯）、绥定县、精河县、塔城县，迪化县（乌鲁木齐）、裕民县、沙湾县、霍城县、和阗区、焉耆区、吐鲁番县、伊宁县、博乐县、巩留县、拜城县、阿瓦提县、布尔津县、乌苏县、疏附县、阿克苏县、叶城县，伽师县、巴楚县、乌什县、温宿县、英吉沙县、额敏县、镇西县（巴里坤）、乾德县（米泉）、昌吉县、温泉县、昭苏县等36个县。
1946年，建有三区革命政府水利局。
1949年12月21日，新疆和平解放后，新疆省政府第二次委员会上决定将原国民党新疆省水利局和国民党中央水利委员会派来新疆工作的水利勘测总队合并，成立新疆省水利厅。对原水利局人员全部留用，其工作机构暂时保留。尔后，开始对水利厅机构和下属单位进行整顿和改编。
1950年1月5日新疆省人民政府正式以秘字第[0051]号代电批准成立新疆省水利厅并任命厅长、副厅长（政务院政人字[18]号令：1949年11月30日政务院13次会议批准任命。）厅长阿里木江、副厅长王鹤亭。
1950年6月6日新疆省人民政府通令：“从6月1日起水利厅名义取消、改为水利局、归农林厅领导”。改为水利局后，机关工作机构和下属单位进一步缩编。
1952年4月1日，水利局撤消。机关工作人员大部分调离，小部分人员归农林厅，成立水利科。时过一年即1953年4月，又成立水利局，恢复和重建了部分科室和下属单位。
1956年9月，省水利局改为自治区水利厅。相继成立了水利水电勘测设计院，水文总站等机构和单位，使水利厅机构更趋完善。厅长陈实、副厅长王鹤亭、马吉提·阿合毛拉也夫、哈吾力·吐逊、李浴、张羽。
这一时期，特别是进入“一五”后，随着水利事业的发展，厅属及专州水利机构也相应得到很大的发展。至 1960年底，全疆各专州成立了水利局，各县（市）都成立了水利科，全疆成立大河流域管理机构15处，灌溉管理处（站）160处，各专州水利部门都拥有大小不等的专业施工队伍，共有水利职工9000人。
1959年至1962年，国家经历了三年自然灾害的磨难，提出“调整、巩固、充实、提高”的八字方针，开始了大规模精简机构的工作。水利厅遵照党中央提出 的“八字方针”，精简、合并、撤消了部分机构和单位，裁撤了部分职工，自办农场、充实基层，减少国家负担，同时加强了为农业服务的力度。
水利厅机关也作了较大的调整、行政事务、政治、人事管理、采取水利厅办公室和勘测设计院本部合署办公的形式，厅办和设计院办公室合并，人事和组织合并。
1962年，自治区水产局并入水利厅、成立水利厅水产处。
1966年5月16日，“文革”开始，9月，水利厅各级党政机构瘫痪。
1968年9月，自治区革委会成立。随后，水利厅成立了以军代表为主体的革命领导小组。
1969年底，自治区革委会成立农业局，主管农、林、水、牧等系统的工作。
1970年，自治区革委会成立水林局、把水利和林业从农业局中分离出来，同年又合并回农业局。
1971年6月15日，自治区革委会批准成立水利电力局，从农业局分离出来并成立水利电力局革命领导小组。组长分别是：杨玉山（军代表），褚南声、陈实；副组长分别是：李浴、张羽、哈吾力·吐逊（维）、李庚友、克尤木·巴斯提（维）、范金龙；顾问：王鹤亭。
1974年8月，自治区水利电力局核心领导小组改为党的核心小组。
1976年10月“文革”结束，1978年7月自治区革委会水利电力局革命领导小组组长、副组长改称局长、副局长。局长：陈实；副局长：李庚友、哈吾力·吐逊、李浴、范金龙、克尤木·巴斯提、王鹤亭。
1979年2月，自治区水电局改为自治区水利局。局长：哈吾力·吐逊、副局长：李庚友、范金龙、李锡龄、陈鸿彦、王鹤亭。
1981年1月1日，水利局改名为自治区水利厅。
1981年5月，自治区调任维吾尔·米努甫为水利厅厅长；1983年7月，调任范金龙为新疆驻京办事处主任；1984年10月，调任昌吉州副州长张立德为水利厅副厅长；1984年10月，区党委免去陈鸿彦副厅长职务；1983年5月，副厅长兼总工程师李锡龄改任总工程师；副厅长阿扎买提·阿合买托夫改任顾问；1985年5月，区党委调任总工办主任唐其钊为副厅长；1986年7月，免去李庚友副厅长职务（退二线）；1987年7月，区党委调任科教处处长伊马木·日木土拉为副厅长。
党的十一届三中全会以后，水利厅加强了干部的“革命化，年轻化，知识化，专业化”建设，提高了干部的素质。 1981年以后，水利厅的组织系统更加完善，工作机构由过去的15个增加到1987年10月的24个。工作机构系统化、规范化、处理日常事务更为及时，更加适应四化建设的要求。
2024年9月20日，新疆维吾尔自治区水利厅系统举行涉改单位集中揭牌仪式，形成南疆塔里木河流域“九源一干”、北疆“六河一湖”统一规划、统一治理、统一调度、统一管理机制，与构建水网主骨架的重大调水工程相结合，推动全疆流域管理机制提档升级。
单位荣誉
2017年11月，被获评第五届全国文明单位。
2019年12月，新疆维吾尔自治区水利厅改水防病办公室获得“全国水利系统先进集体”荣誉称号。
2020年1月7日，荣获2019年水利行业节水机关。
2022年1月，新疆维吾尔自治区水利厅水旱灾害防御处荣获“全国水旱灾害防御工作先进集体”称号。
现任领导
自治区水利厅党组成员、副厅长（兼），兵团水利局党组书记、局长：
孙录勤自治区纪委监委驻自治区水利厅纪检监察组组长、党组成员：
魏红二级巡视员：迪里木拉提·阿合买提江