新疆维吾尔自治区档案馆为自治区国家综合性档案馆。它是新疆维吾尔自治区委员会、自治区人民政府直属的科学文化机构，是保存自治区区级机关档案的基地，是科学研究和各方面利用档案史料的中心。

其基本任务是：接收是保管区级机关档案，维护档案的完整与安全，加强档案的科学化和现代化管理，丰富馆藏，建立内容丰富，结构合理的馆藏体系，积极开展档案史料的编研工作，大力开发档案信息资源，提供档案为社会主义各项事业服务，发挥档案工作的社会效益和经济效益。主要职责为：负责保管新疆和平解放的革命历史档案及历代旧政权机关和其他单位形成的档案；负责保管新疆和平解放后新疆省级、自治区级机关永久保存的档案以及本地区具有历史凭证作用和科学研究价值的各种门类、各种载体的档案；负责征集、接收本馆管理范围内具有保管利用价值的档案史料，并对馆藏档案进行科学地整理、鉴定、统计和现代人化的管理工作；积极开展档案的利用工作；负责馆藏档案的编辑并参与编史、修志工作。

1959年10月，新疆维吾尔自治区档案管理处（正局级）正式成立，下设办公室，编制20人。1963年自治区档案馆筹备处成立，与自治区档案管理处合署办公。1965年10月，自治区档案馆办公楼竣工并正式使用。自治区档案馆在“文革”前与自治区档案管理处合署办公，由区党委秘书长领导，业务上受到自治区档案管理处指导。1966年“文革”开始，档案馆业务工作陷入停顿。1967年9月成立自治区清查敌伪档案领导小组办公室，接替了自治区档案馆的大部分工作。1968年9月，自治区革委会成立后在办事组下设机要档案组。1973年3月，自治区革委会办公厅成立后在办公厅下设档案管理处。“清档办”撤销后，敌伪档案移交档案处管理。1977年9月，自治区党校决定成立自治区档案局（二级局），隶属自治区党委领导，日常工作办公厅管理，下设档案馆、业务指导处。1981年4月，自治区档案馆与自治区档案局（二级局）合一，下设档案管理处、业务指导处，1983年6月，经过机构改革，自治区档案局（馆）仍为二级局，“一套人马，两块牌子”，下设档案管理处，业务指导处、编研处、办公室。1986年6月，自治区党委、自治区政府决定将自治区档案局（二级局）列入政府编制序列，由自治区人民政府副主主席分管，日常工作由政府秘书长领导；自治区档案馆作为自治区党委、自治区人民政府的直属科学文化事业机构（县处级），与自治区档案局分设，归口自治区档案局管理，由自治区档案局一位副局长兼任馆长。自治区档案馆内 设整理鉴科、保管统计利用科、接收征集科、编研科、保护技术科、保卫科。1996年9月，经过机构改革，局、馆合并，一个机构，两块牌子，履行档案事业行政管理和档案保管、利用两种职能，作为自治区党委的事业单位，由党委办公厅管理，副厅级。档案局（馆）设八个处室（均为正处级）：办公室、业务指导处、科研教育处、历史档案保管利用处、现行档案保管利用处、编研处、档案保护技术处、人事保卫处，2002年7月自治区档案局（馆）内设机构进一步调整 为办公室、业务处、综合法规处、人事教育处、历史处、编研处、技术处，此外，还设有机关党委，编制104名。

一办公室

负责局(馆)的行政事务和综合协调工作，保证局(馆)业务和行政工作的正常运转;负责秘书、文档、信息、保密、翻译、会务、接待工作;负责财务、固定资产、车辆、综合治理、安全保卫、计划生育等方面的工作。

二综合法规处

负责自治区档案法规建设和档案执法监督检查工作;负责档案学理论研究和档案、档案法制宣传工作;负责全区档案统计、上报和综合性文件的起草工作;负责《新疆档案》编辑发行工作。

三业务指导处

负责全区档案业务的宏观管理监督检查、协调、指导工作;参与有关的重点工程竣工验收工作。

四人事教育处

(新疆维吾尔自治区档案干部培训中心)

负责局(馆)机关机构编制、组织人事、劳资、离退休干部和社会保障工作;负责干部职工思想教育和考核工作;负责全区档案干部队伍建设和教育工作;负责自治区档案学会日常工作。

五档案保管保护处

负责保管自治区本级不同历史时期所有载体、种类的档案;管理全区明清、民国和革命历史档案三个目录中心;负责档案的整理与检索工具的编制;负责管理范围档案的解密和开放;负责馆藏资料的征订、保管和查阅咨询工作。负责档案保护技术的研究与实施现代化管理手段的运用，负责破损档案的修裱工作。

六档案信息开发利用处

负责查阅档案的接待咨询和档案的提供利用工作;负责档案史料的编研、开发、档案展览和对外宣传工作。

七档案征集接收处

负责属于国家规定的所有门类和载体档案的征集工作，负责对全区档案征集工作的指导、理论研究与统计;负责自治区本级各单位(企业、事业单位)各种门类和载体档案的接收进馆。

八档案信息化处

负责全区档案信息化建设的宏观规划和指导;负责档案信息技术的开发和推广应用工作;负责全区档案信息化建设的数据统计工作。负责自治区档案馆档案数字化工作;负责本局(馆)信息化建设和信息技术的开发、应用工作;负责设备的维修、更新、网络保密工作。

九机关党委：

负责局(馆)党群工作和精神文明建设工作。

十纪检(监察)组：

负责局(馆)纪律检查和行政监察工作。