新疆科学技术出版社成立于1990年10月13日，当时社名为
新疆科技卫生出版社(K)，由
新疆人民出版社各文种科技编辑室、科学普及出版社新疆维哈分社、人民交通出版社新疆民族文字编译部、人民体育出版社新疆体育书刊编辑部整合而成，主管单位是
新疆维吾尔自治区新闻出版局（版权局）。经国家新闻出版总署批准，自2002年12月30日起改名为新疆科学技术出版社。
新疆科学技术出版社由维吾尔、汉、哈萨克、蒙古、
柯尔克孜、塔塔尔、乌孜别克、俄罗斯、回、朝鲜等十个民族的职工组成，少数民族职工占全社职工总数的70%，坚持按照政治强、业务精、纪律严、作风正的要求，建没出版编辑队伍。通过加强举习、岗位锻炼、到内地出版社挂职锻炼等方法，不断提高出版社职工的政治素质和业务素质，一大批优秀的出版工作者脱颖而出，成为骨干力量，为出版杜的发展作出了贡献。
新疆科学技术出版社以维吾尔、汉、哈萨克、蒙古、柯尔克孜等5种文字出版各类科学技术读物，十几年来以“普及科学知识，弘扬科学精神”为己任，先后出版了一批既体现新疆民族地域特色，又体现时代精神，为新疆科技发展、经济建设和文化积累服务的科技图书，为社会发展、稳定和各族读者知识的积累起到了积极的作用。
新疆科学技术出版社翻译出版了维吾尔、哈萨克、蒙古、
柯尔克孜四种文字的《放飞神州——中国首次载人航天工程纪事》，并在北京召开了新闻发布会，扩大了优秀科普作品的传播力度。还有维吾尔文《科普知识问与答》、《青少年科技活动大全》、维吾尔·哈萨克文《十万个为什么新世纪版》、《远离非典 健康呼吸》等，为新疆各族人民战胜疾病、提高科技素质、丰富文化生活提供了有力的智力支持和舆论环境。