新疆省政府是民国十七年（1928年）起设立的新疆省政府并任命主席。

新疆省自中华民国元年（1912年）建立后，在北洋政府时期（1912至1928年）由都督（之后又陆续改称为将军、督军等）管辖。

民国三十五年（1946年）7月1日，新的新疆省政府成立，在当时是中国首次出现有民族联合的民主省政府。

国共谈判期间，蒋介石在与毛泽东进行的单独谈话时曾表示，在中共真正做到军令政令统一之后，省一级人员乃至省主席可以考虑邀请中共人士担任，据此中共南方局提供的情报援引国民党内部人士的说法是“到非让步不可的时候，蒋介石准备让毛泽东出任新疆省政府主席”。

1949年1月，包尔汉出任新疆省政府主席。9月上旬，邓力群奉中共中央命令秘密到达迪化，带去张治中劝谏陶峙岳、包尔汉和平起义的电报。9月25日，以陶峙岳为首的国民党驻新疆部队宣布起义；9月26日，包尔汉带领新疆省政府通电宣布起义。12月17日，新疆省人民政府成立，包尔汉担任首任主席。