新疆畜牧科学院成立于1982年10月，是由原新疆农科院畜牧兽医研究所和自治区畜牧厅草原研究所为基础于组建而成。建院以来，始终围绕新疆畜牧业生产发展需要，坚持开展以牛羊反刍草食家畜为主要研究对象，以生物技术、繁殖育种、高效养殖、优良牧草品种培（选）育、兽医兽药、动物保健等为主要内容的科学研究、技术开发、科技示范与推广工作，取得了一系列重大科技成果，为新疆的畜牧科技进步和畜牧业发展做出了重要贡献。
现有畜牧、兽医（临床兽医研究中心）、草业、饲料、生物技术、畜牧业经济与科技信息（畜牧科技宣传教育中心）、畜牧业质量标准7个研究所，省部级科研平台15个（农业部草食家畜遗传育种与繁殖重点实验室、新疆动物生物技术重点实验室、新疆绒毛用羊遗传育种与繁殖重点实验室、新疆畜产品质量风险评估重点实验室、博士后工作站等），形成草食家畜遗传育种与种质创新、畜牧生物技术、动物疫病与畜源人畜共患病、干旱区草地资源与生态农业、畜牧业现代生产与管理、畜牧业标准化、反刍动物营养与饲料、畜产品加工8个院级重点学科，科研特色鲜明，技术优势突出。全院在职388人，专业技术人员占81%，其中，正高40人、副高102人；博士25人、硕士101人，研究生学历人员占40%。国家百千万人才工程2人，自治区突出贡献专家6人，自治区高层次人才（农林牧水系统）培养对象5人，“天山英才”人选11人。
全院设有畜牧、兽医、草原、科技信息、饲料研究所和中澳绵羊育种研究中心等6个研究单位，以及农业部家畜繁育生物技术重点开放实验室、农业部新疆旱生牧草原种基地和农业部种羊及羊毛羊绒质量监督检验测试中心、新疆畜牧科技培训中心、新疆现代畜牧业生产力促进中心、新疆畜牧科学院工程咨询中心等机构，是科技部确认的全国牛
胚胎移植技术依托单位。畜牧研究所的家畜繁殖研究室是我国参加亚太地区生物技术网的五个成员之一。全院现有职工375人，其中
专业技术人员278人（包括研究员13人，副研究员82人；博士5人，硕士25人，自治区优秀专家2人，享受
政府特殊津贴30人）。郭志勤研究员荣获自治区2002年科技进步特等奖，狄江副研究员获新疆第二届青年科技奖。
建院以来，先后承担国家和省部级各类计划项目600余项，共取得科技成果320余项，其中获国家和省部级奖励逾百项。共发表论文1600余篇，出版著作20余部。“牛胚胎移植技术研究与应用”、“O型口蹄疫鸡胚化弱毒乳兔反应苗”等10项成果获国家科技进步奖；主持培育出“
中国美利奴羊（新疆型）”、“新吉毛羊”、“新疆瘦肉型猪”等新品种；培（选）育的“新多二号青贮玉米”、“
木地肤”、“新引1号东方山羊豆”先后获农业部牧草新品种（系）证书；研制的“口蹄疫A型活疫苗”、“牛羊口蹄疫活疫苗”、“吡喹酮药饵”获国家新兽药证书，“杀虫油剂”（国家发明专利）获自治区新兽药证书，并先后投入商业化生产；建立了国内第一个畜产品标准化体系《新疆细羊毛标准体系》，创立的“
萨帕乐”品牌细羊毛屡创国内羊毛拍卖最高价，并首开我国原毛出口先河。
2016年6月7日，新疆畜牧科学院召开新闻发布会，介绍该院生物技术研究所刘明军研究员课题组的基因组编辑技术。
刘明军培育出拥有奶牛和斑点狗一样花纹的绵羊，甚至还有棕白两色的个体，被称为“未调和的卡布奇诺”。利用基因组编辑技术改变大动物毛色这一技术突破，为今后家畜育种提供精准、高效、快速的新手段。
大型动物的基因编辑可能会给人类带来福利，可以提供优质蛋白食物、帮助临床研究以及给人类病人提供动物
器官移植。
“
十五”以来，围绕新疆建立优质毛、绒、奶、肉基地的产业调整战略，针对生产实际和发展需要，以提高综合生产效益和农牧民增产增收为核心，选定牛羊为主的草食家畜现代育种与繁殖、高效饲养、胚胎工程、重大动物疫病与人畜共患病、草地高效综合利用为突破口，主持承担国家科技攻关、
国家863计划、国家奶业重大科技专项、国家西部开发科技专项、
国家自然科学基金、农业科技跨越计划、国家948项目、国家农业综合开发以及自治区的重大或重点课题50余项。先后在牛羊胚胎工程、重大动物疫病和人畜共患病的诊断监测与防制技术、兽用疫苗和新兽药研制技术、畜禽常见病多发病防治技术、家畜乳腺生物反应器、优质细毛羊新品种培育、奶业现代化生产配套技术、毛绒生产管理标准化、奶肉牛高效生产技术研发、工厂化肉牛（羊）生产综合配套技术、优质高产牧草种子培育与产业化等方面开展了较为系统深入的研究，创新突破了许多重大的关键技术，部分技术已实现产业化。
《金牧电子杂志》由
新疆畜牧科学院主办，是以“新疆金牧网”为依托，面向畜牧业生产者的一种全新的科学技术普及方式，具有发行快捷，实时性强，界面亲和等特点。目前暂定为月刊，用户可
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