新疆师范大学新疆与中亚跨境民族研究中心成立于2008年6月。中心基于新疆与中亚密切的地缘文化联系，整合了民族学、社会学、历史学等多学科的专家学者，运用多元研究方法对该区域跨境民族的历史、文化、宗教、社会经济进行比较研究，其研究不仅为跨境民族研究开辟了新思路，也为新疆与中亚的和谐共荣提供了理论依据和现实策略。中心下设新疆与中亚跨境民族宗教生活比较研究和新疆与中亚跨境民族社会经济发展比较研究两个研究方向。
2013年6月8日，为实现校党委确立的国际化战略和中亚战略，促进科学研究与学科建设、人才培养、社会服务协调发展，全面提升学校综合竞争力和影响力，更好地服务于自治区乃至国家战略需要，发挥高校在经济社会发展中的咨政和服务作用，新疆师范大学根据《新疆师范大学2011—2015年教育事业改革与发展规划纲要》，在原有中亚研究中心建设的基础上成立中亚研究院，每年投入100万元加强建设。
新疆师范大学中亚研究院将立足新疆，面向全球，秉持“中亚情怀、中国特色、全球视野”的治学理念，努力实现学术追求与现实应用并重、学科建设与社会需求兼顾两方面的动态平衡；以资政为导向，以重大问题为焦点，以学科交叉为基础，以机构合作和团队联动为机制，以数据信息平台为支撑；以特色谋发展，以质量求生存。中亚研究中将依托学校吉尔吉斯斯坦研究中心、玛纳斯研究中心、鲁达基研究中心、中亚政治研究中心、中亚法律研究中心、中亚经济研究中心、中亚文化教育研究中心、中亚民族宗教研究中心、中亚艺术研究中心、中亚文献研究中心、中亚资源环境研究中心、三所孔子学院等现有中亚研究平台，汇集国内外专家学者，积极开展中亚的政治、法律、经济、语言与文化、教育、人口与民族、资源环境、艺术、体育、上海合作组织等方面进行研究，构建特色鲜明、优势突出、实力雄厚的人文社科学科群。
2013年，中亚研究院将通过搭建平台、科学引导、政策倾斜、机制创新、资金支持，力求汇聚高端科研人才，开拓学术路径，渐趋形成具有鲜明区域特色的研究方向，为今后我校中亚研究健康发展奠定扎实的基础。经过3-5年的建设，力争培养出一批区内外知名的学术专家，推出一批对学科建设和自治区乃至国家决策具有重要学术价值和现实意义的科研成果，使中亚研究真正成为我校理论探索和学科建设的聚焦点、创新点和立足点。经过5-10年的建设，力争将中亚研究中心打造成为服务自治区乃至国家发展战略的跨学科理论创新研究中心、人才培养中心、信息中心、咨询服务中心，把中亚研究中心办成区内领先、中亚知名、国内有影响的中亚问题综合研究机构，使新疆师范大学成为自治区乃至国家中亚问题研究和周边国际关系理论创新中心的“思想库”与“智囊团”。