新疆人民卫生出版社成立于1976年6月，是经新疆维吾尔自治区党委、政府批准成立的地方性专业出版社，1977 年元月国家新闻出版局予以注册。由自治区卫生厅主办、自治区新闻出版局主管的事业单位。1991年为顺应全国出版社整改工作需要暂时改名为新疆科技卫生出版社。自2000 年7 月起为适应改革开放的要求，新疆科技卫生出版社变为差额补贴事业单位。2003 年元月起社名恢复为新疆人民卫生出版社。
1976年6月，经新疆维吾尔自治区人民政府批准，成立新疆人民卫生出版社。1990年2月新疆维吾尔自治区人民政府发函，社名改为新疆科技卫生出版社。现重新定名为《新疆人民卫生出版社》。为推进少数民族出版行业改革，促进少数民族出版事业发展，2011年7月，新疆维吾尔自治区党委和人民政府决定以新疆人民出版社为平台，整合新疆科学技术出版社、喀什维吾尔文出版社、伊犁人民出版社、克孜勒苏柯尔克孜文出版社、新疆人民卫生出版社、新疆音像出版社，组建新疆人民出版总社（新疆少数民族出版基地）。总社机构规格相当正厅级，为自治区党委宣传部主管，自治区新闻出版局主办和管理的公益性事业单位。2014年2月，该社在北京设立新疆人民卫生出版社北京编辑部。
各种医药学类图书（西医，中医，维吾尔医方面等），普及科学基础知识和应用
科学技术类图书；医药学、科技工具类图书；介绍国内外先进科学技术；管理科学范例文献；中小学辅导
教材等
科普类读物。主要服务对象是农牧区群众和在职医务工作者，重点出版医药卫生类图书、相关科技类图书、各级医药卫生专业学校教材和相关教辅类图书、社科类图书。
我社编辑的大型
工具书、医药类图书多次获全国二等奖、三等奖和西南
西北地区图书评比一、二等奖，新疆维吾尔自治区图书评比一、二等奖。
出版社有1000平方米的办公场所，图书资料室藏书2万余册。
自建社以来，新疆人民卫生出版社始终坚持为社会主义服务，为医学教育、科研和医疗卫生服务的办社宗旨，打造图书精品，服务人民健康事业，坚持社会效益第一的原则，共出版医学图书2000余种，发行 2000余万册。以“高质量、高品位、高水平、多层次”的品牌理念，成为社会信誉度很高的新疆卫生专业出版社，赢得了作者、读者以及出版界的认可。
新疆人民卫生出版社被自治区卫生厅确立为“新疆卫生系统有突出贡献单位”；70 余种图书获省、自治区以上奖，曾获“中国出版政府·图书奖”，实现了社会效益和经济效益的最佳结合。
新疆人民卫生出版社作为出版和编辑维吾尔古籍图书的（国家公益性事业单位，医学类专业图书出版单位）机构，一直非常注重对维吾尔医药学传统文化的挖掘、整理、编辑和出版，以期能使维吾尔医药学文化对各族人民的医疗保健事业的发展起到推动作用。但是民族医药文化的出版如果仅是停留在资料性的保存方面，而不是传播出去，提升大众对民族传统文化的了解和兴趣，那这种作用也就是十分有限的。为了传承古代的传抄传统，我社决定对维吾尔医学领域广泛传播的医学著作进行重新整理，并以影印版形式出版。版面设计具有特色，完全不同于现行的版式设计风格与标准，能给读者一种阅读古代手稿的感受。