《新安医籍丛刊》是现代余瀛鳌、王乐匐等主编的一系列综合性中医文献。

新安地处江南一隅，辖安徽之歙、黟、休宁、祁门、绩溪及江西之婺源诸县，历代名医辈出，传世之医籍甚多，尤以明清之际为盛，形成中国医学史上“新安医学”之一脉。本丛刊从历代新安医家著述中选择学术价值较高者，分为医经、伤寒金匮、诊法、本草、方书、综合、外科、妇儿科、针灸、喉科、医案医话、医史、杂著等十余类，每类按内容多寡汇为一册或数册，计收辑自宋元迄清末民初医籍一百余种，近两千万字。是研究新安医学较为全面的大型医学丛刊。

1987--1996年安徽科学技术出版社出版。