抗日战争时期，新四军军部对长江以南新四军部队实施统一领导的派出军事机构。1939年11月，新四军军部决定新四军第一、第二支队指挥机关合并组成新四军江南指挥部。陈毅任指挥，粟裕任副指挥，罗忠毅任参谋长，刘炎任政治部主任。下辖第二、第四团、新六团、苏皖支队、挺进纵队和江南人民抗日义勇军及苏南地方抗日武装。1940年7月，陈毅、粟裕率江南指挥部机关及第二团、新六团等部北渡长江，与挺进纵队、苏皖支队会合，江南指挥部改称苏北指挥部。留在苏南的部队，成立新的江南指挥部，罗忠毅任指挥，廖海涛任副指挥，以第四团一部为主力，同各县地方武装一起，编组为新三团、第四团、独立第一团和独立第二团，3000余人。1941年皖南事变后，新四军江南指挥部及所属部队改编为新四军第六师第十六旅。