新四军司令部是新四军的军事指挥机关。皖南事变前的新四军司令部，指的是参谋长张云逸、副参谋长周子昆领导下的8个处。处以下按业务分工设科。此外还设有总兵站、军司令部党总支部、军直警卫连。

参谋长：张云逸（时在江北指挥部）

副参谋长：周子昆

参谋处

处长：赵凌波（北移开始后调任一纵队副司令员）；张元寿（后，1941年1月5日在茂林任命）

副处长：张元寿

一科（作战科）科长： 李志高；副科长：叶超（1941年1月10日在石井坑任命，此前是作战参谋）；测绘室主任：熊永龄（时在一纵队搞测绘，随一纵队行动）

二科（侦察科）科长：陈铁君；副科长：扬帆（1941年1月10日在石井坑任命，此前是军法处二科科长）；摄影室主任：田经纬

三科（通信科）科长：胡立教；副科长：曹丹辉；“三山办公室”主任： 胡立教（兼）；“三山办公室”党支部书记：朱诚基；一组（破译）组长： （不详）；二组（译、校、整）组长：（不详）；三组（侦听）组长： （不详）；四科（教育科）科长：冯隆（先期撤离皖南）；书记室主任：叶芳炎（参谋处书记室所属科待核）；无线电通信大队大队长； 曹丹辉（兼）；无线电通信大队政治协理员：林健；机电室主任：张相友（随先遣队撤离皖南），陈国龙（后）

军需处（军需处随先遣队撤离人员较多，其机构还原不够完整）

处长：宋裕和（率先遣队撤高皖南）

副处长：张元培、罗湘涛

军法处

处长：李一氓（兼）

副处长：汤光恢（率先遣队撤离皖南）

一科（部队科）科长：雷艮（1940年9月调任新一支队军法处主任）；二科（地方科）科长：扬帆（代理军法处处长）；三科（审判科）科长：高原（随先遣队撤离皖南）；四科（统计科）科长： 汤光恢（兼）；监狱典狱长：冯北达（调任军特务团特派员）；执法队队长：毛普安（随先遣队撒高皖南）

副官处

处长： 黄序周（北移开始后调任三纵队参谋长）

副处长：张经武（随先遣队撤离皖南）

一科科长： 张经武（兼）；二科科长： 梅文鼎（1940年11月护送叶挺军长夫人李秀文回澳门家中，时在澳门）；军长室主任： （不详）。三科科长：叶钦和（代理副官处处长）

军医处（军医处随先遣队撤离人员较多，其机构还原不够完整）

处长：沈其震（1940年底取道上海转赴华中新四军八路军总指挥部）

副处长：戴济民（随先遣队撤离皖南）、副处长：王聿先（代理军医处处长）

军医处政治协理员：李东明（1940年 12月因病回原籍广东梅县休养）；医政科科长： 王聿先（兼）；保健科科长：杨光（女，1940年底取道。上海转赴华中新四军八路军总指挥部）；医训班主任：郑素文（女，随先遣队撤离皖南。医训班所属科待核）；材料科科长： 洪振声（随先遣队撤离皖南）；仓库主任： （不详）；管理科科长：袁序（随先遣队撤离皖南）；军部医院（驻肖村）院长： 李振湘（随先遣队撤离皖南）；护士长： （不详）；副室长：陈海峰（随先遣队撤离皖南）；第三病室（五官科或传染科，确切不详）；化验室主任： 李启宇（女，1940 年底取道上海转赴华中新四军八路军总指挥部）；看护室主任：赵汝静（女）；手术室护士长： （不详）

……

总兵站（总兵站随先遣队撤离人员较多，其机构还原不够完整）

站长：叶进明（率先遣队撤离皖南）、忻元锡（代理，后）

政委：符确坚（随先遣队撤离皖南）

一科（军实科）科长：陈展；二科（粮秣科）科长： 叶育青 （北移时在军副官处）；三科（管理科）科长：吴家云（北移前在飞狸桥为新四军先遣队打前站）；章家渡兵站站长：王乐平；太平分兵站站长： 刘开福（1940年12月，赴宣城恢复第四兵站，为新四军先遣队东进苏南打前站。同月22日左右撤往溧阳水西村）

……

秘书处

处长：李一氓（兼）

秘书主任：钟昌基

文书科科长：孙秉泰；机要科科长： （无，由机要秘书童世杰主持工作）

新四军驻上饶代表处

主任：胡金魁（北移前撤收回皖南军部，1941年1月10日在石井坑任命为队列参谋）

新四军驻桂林代表处

主任： 肖正纲（北移前撤回皖南军部，1941年1月10日在石井坑任命为队列参谋）

军司令部党总支部

书记：杨建新

军直警卫连

连长：成建军

政指：梁玲（女）