斐迪南三世 （1608年7月13日-1657年4月2日），神圣罗马帝国哈布斯堡王朝皇帝（1637年-1657年在位），匈牙利国王（1625年-1657年）和波希米亚国王（1627-1657年年起）。他也是奥地利大公，称斐迪南四世。

斐迪南三世是斐迪南二世皇帝的长子，生于格拉茨。他的母亲是斐迪南二世的第一个妻子巴伐利亚的玛丽亚·安娜。作为皇帝，他的统治主要是与震撼欧洲的三十年战争联系在一起。

在1634年帝国统帅阿尔布雷希特·冯·瓦伦斯坦被皇帝指使的军官们杀害后，当时是奥地利大公的斐迪南被任命为参加三十年战争的帝国军队名义上的首脑。但是斐迪南在当时的宫廷中是属于主和派，他在促成帝国政府与德意志新教诸侯（尤其是萨克森）达成和解方面发挥了一些作用。斐迪南参与了1635年的布拉格和约谈判。

1637年父皇去世后，斐迪南三世继承了神圣罗马帝国的皇位。由于整个德意志已经在战争中弄得民尽财穷，斐迪南三世急切希望能与最主要的参战国瑞典及其财政上的支持者法国实现和平，即使不得不在宗教问题上作出让步，但是他不遂所愿。战火继续蹂躏了神圣罗马帝国11年，直到双方都筋疲力尽，在1648年终于签署了威斯特伐利亚和约。

斐迪南三世曾3次结婚。他的第一任妻子是他的表姐西班牙公主玛丽亚·安娜，他们生了两个儿子：长子斐迪南（斐迪南四世），先于斐迪南三世去世；次子利奥波德一世，最终继承了皇位。在玛丽亚·安娜于1646年去世后，斐迪南三世与他的堂妹玛丽亚·莱奥波尔迪娜女大公 (蒂罗尔大公利奥波德五世之女) 结婚。玛丽亚·莱奥波尔迪娜于1649年去世。斐迪南三世的最后一任妻子是曼图亚公爵的女儿埃莱奥诺拉·马达莱娜·贡扎加，两人的女儿包括埃莱奥诺雷·玛丽亚·约瑟法，是弗朗茨一世的祖母。