教育部财务司是参与拟订教育经费筹措、教育拨款、学生资助的方针、政策；承担统计全国教育经费投入情况的有关工作；负责直属高等学校和直属单位国有资产、预决算、财务管理和内部审计；参与义务教育保障机制经费、有关教育专项经费管理；参与利用国际金融组织等对中国教育贷款的立项工作的部门。

副司长：魏秦歌

办公室 负责公文管理和司领导的日常工作安排;负责司内党、政、群、工等工作;负责司内重大事项的组织、协调、督办工作。

专项资金管理处 负责中央对地方有关教育专款的拨付及地方财务管理工作;负责统计全国教育经费投入情况和执行情况，编发监测公报工作;负责高中阶段学生资助工作;负责职业教育基础能力建设工作。

预算处 负责编制教育部门预算和决算;负责部门政府采购工作的政策研究、组织实施工作;负责部门内部和外部审计工作。

审计处 负责部直属高校直属事业、企业单位的审计，对教育系统内部审计工作进行指导。

高教财务处 负责直属高校财务管理工作;负责高校学生资助工作。

外事财务处 负责教育外事财务管理工作;驻外教育机构馆舍改造、固定资产管理工作。

外资贷款利用处 负责外国政府、国际组织贷款、援助、赠款的统筹规划、资金安排和管理工作。

国有资产与企业处 负责直属高等学校、事业单位及驻外教育机构的国有资产管理工作;负责教育系统进口物资(科教用品)免税审核工作。

综合处 负责教育财政政策的研究、制订工作;负责教育收费政策的制定工作;负责参与教育改革与发展规划和教育法律法规的研究、制定工作。

义务教育经费保障处 负责组织实施义务教育经费保障机制有关工作。

中小学校舍维修管理处 负责组织实施全国中小学校舍安全工程及有关工作

会计室 负责部内有关专项经费的管理和会计核算工作。