一小段单链DNA或者RNA片段（大约是20到500
bp），用于检测与其互补的核酸序列。
双链DNA加热
变性成为单链，随后用
放射性同位素（通常用
磷-32）、
荧光染料或者酶（如
辣根过氧化物酶）标记成为探针。磷-32通常被掺入组成DNA的四种
核苷酸之一的
磷酸基团中，而荧光染料和酶与核酸序列以
共价键相连。
当将探针与样品杂交时，探针和与其互补的核酸（DNA或RNA）序列通过氢键紧密相连，随后，未被杂交的多余探针被洗去。最后，根据探针的
标记物种类，可进行
放射自显影、荧光发光、酶联
化学发光等方法来判断样品中是否，或者何位置含有被测序列（即与探针互补的序列）。