军队指挥系统是军队按体制编制和作战序列构成的指挥体系，包括由指挥员及其指挥机关、指挥对象、指挥手段组成的统帅部至各军种、兵种部队的各级指挥系统。

建立军队指挥系统的目的,是为了有效地行使指挥职能,充分发挥指挥效能,周密可靠地组织指挥军队遂行作战和其他任务。军队指挥系统的基本组织形式和称谓,世界各国军队大体有以下几种:统帅部指挥系统,是军队的高层指挥系统;军种、战区(军区)指挥系统,是军队指挥系统的中间层次;战役军团(兵团、部队)指挥系统,是军队指挥系统的基本组成部分。