基本功能是从制度上保证和提高军队在作战和遂行其他军事行动时实施指挥的能力。是国家统治阶级或政治集团对军队实施指挥的组织基础，是军队领导指挥体制的核心。建立现代军队指挥体制的基本原则是集中统一，精干高效，结构科学，关系顺畅，手段先进，反应灵敏。
按
军种、兵种分为陆军指挥体制、海军指挥体制、空军指挥体制、战略导弹部队指挥体制等；
按指挥范围分为单一兵种作战指挥体制、诸兵种合同作战指挥体制和诸军种联合作战指挥体制、多国部队联合作战指挥体制；按作战样式分为常规战争指挥体制、核战争指挥体制、防空指挥体制。此外，还可分为平时指挥体制和战时指挥体制等。通常由国家或军队最高领导机关颁发的组织法、编制表、条令条例和有关规定等予以规范。
以制度的形式对各级指挥机构和指挥对象的隶属关系作出明确的规定，使指挥员、指挥机构和指挥对象相互关系顺畅，彼此密切配合，保障指挥的顺利实施。指挥机构的结构、职能、编组和运行方式，直接影响作战指挥的效能。现代军队的指挥机构主要由指挥员、指挥机关和指挥所构成。在指挥机构中，指挥员担负指挥责任，掌握指挥权力，是指挥活动的核心。指挥机关是辅助指挥员决策，组织部队作战、战备等行动，保障实现指挥员决心的常设机构，通常是司令部或参谋部（处），内部按职能设置部门。指挥所是按指挥军队作战和其他军事行动的需要临时设置的专门机构，是指挥机关的组成部分，由指挥员和指挥机关有关人员、指挥设施及保障部队、分队组成，按职能可分为基本指挥所、预备指挥所、辅助指挥所、前进指挥所、后方指挥所等。指挥体制规定各级指挥机构的基本成分和组织层次，并在制度上使其有机地结合起来，形成完整的指挥组织体系，为提高军队指挥能力提供了组织保证。世界各国（地区）军队的指挥机关，有的在一定层次上（通常是在军种和战区层次上）与行政机关分开设置，并形成相对独立的组织系统，如美军的指挥体制由国防部（参谋长联席会议）–联合司令部–部队司令部构成；有的自上而下与行政机关合并设置在同一组织系统之内，如俄罗斯联邦军队的指挥体制，由“指挥、行政合一”的总参谋部、军种、兵种和军区司令部构成。两种指挥体制相比较，前者有利于指挥员和指挥机关集中精力筹划组织战备工作，实施作战指挥，但指挥和行政两大组织系统之间工作的衔接和协调比较复杂；后者便于领导机关熟悉部队并使作战指挥和行政管理紧密结合，但领导机关的任务和编组庞杂，影响工作效率。随着新军事变革和指挥手段的更新，指挥体制也在不断发展和完善，其发展趋势是：指挥机关与行政机关分开设置，指挥机构更加精干；减少指挥层次，由传统的“纵向树状”体系向“扁平网络”式体系转变；提高联合作战指挥能力，由诸兵种合同作战指挥体制向诸军种联合作战指挥体制转变；提高快速反应能力，由平战差别较大的指挥体制向平战合一的指挥体制转变。