南明弘光元年（清顺治二年，1645）清兵大举南下，
郑芝龙等迎唐王
朱聿键入闽。闰六月，与
郑鸿逵与
福建巡抚张肯堂、
巡按御史吴春枝、
礼部尚书黄道周等，拥
朱聿键称帝於
福州，改元隆武。郑芝龙受封平虏侯，掌握军政大权；旋晋平国公。八月加太师。为表达对隆武帝的忠心，请建报恩寺，隆武帝亲赐“敕建报恩禅寺”匾额。
十一月郑芝龙降。
郑成功揭竿而起，开展抗清斗争。他以金厦两岛为根据地，身先士卒，转战东南沿海，屡败清兵，给清王朝以沉重打击。顺治十一年（1654）八月，清朝特遣内院学士叶成格、理事官阿山等人招抚郑成功。九月，郑成功派人迎清使于安平，会于报恩寺。
清顺治十八年（1661），清廷厉行迁界，俗称“辛丑播迁”，
泉州沿海一带成为废墟，报恩寺被毁。康熙朝复界，因该寺曾为郑成功与清使谈判之所，无人敢为重修，遂成废丘。